Die dritte Staffel von *Natsume's Book of Friends* setzt die Geschichte von Takashi Natsume fort, einem jungen Mann, der die Fähigkeit besit, Geister (Yokai) zu sehen. Diese Gabe hat er von seiner Großmutter Reiko geerbt, die einst ein Buch namens "Yuujinchou" (Buch der Freunde) schuf, in dem sie die Namen von Yokai festhielt, die sie im Kampf besiegt hatte. Durch die Kontrolle über diese Namen hatte sie Macht über die Geister. Natsume, der das Buch geerbt hat, beschließt, die Namen an die Yokai zurückzugeben, um ihnen ihre Freiheit zurückzugeben und die Bindungen zu lösen, die seine Großmutter geschaffen hat.

In dieser Staffel wird Natsumes Beziehung zu den Yokai und den Menschen in seinem Leben weiter vertieft. Er lebt bei den Fujiwaras, einem freundlichen Ehepaar, das ihn wie ihr eigenes Kind aufgenommen hat, und pflegt enge Freundschaften mit Klassenkameraden wie Shigeru Tanuma und Taki Tooru, die ebenfalls in der Lage sind, die übernatürliche Welt wahrzunehmen. Sein Begleiter, der Yokai Nyanko-sensei (auch Madara genannt), bleibt ein wichtiger Verbündeter, der ihn beschützt und oft mit sarkastischem Humor begleitet.

Die Episoden der dritten Staffel sind größtenteils in sich abgeschlossen und behandeln verschiedene Begegnungen zwischen Natsume und den Yokai. Dabei geht es oft um Themen wie Einsamkeit, Verlust und die Suche nach Zugehörigkeit. Natsume hilft den Yokai, ihre Probleme zu lösen, sei es durch die Rückgabe ihrer Namen oder durch die Vermittlung zwischen ihnen und der menschlichen Welt. Gleichzeitig wird seine eigene Vergangenheit weiter beleuchtet, insbesondere seine schwierige Kindheit, in der er aufgrund seiner Fähigkeit von anderen gemieden wurde.

Ein wiederkehrendes Motiv ist die Frage, wie Natsume mit seiner doppelten Identität umgeht – als Mensch, der in der normalen Welt lebt, aber auch als Vermittler zwischen den Welten der Menschen und der Yokai. Die Staffel zeigt, wie er langsam Vertrauen in andere fasst und lernt, sich auf die Unterstützung seiner Freunde zu verlassen, anstatt alles alleine zu bewältigen.

Die dritte Staffel behält den ruhigen, melancholischen Ton der vorherigen Staffeln bei, kombiniert mit Momenten der Wärme und des Humors. Sie vertieft die Charakterentwicklung von Natsume und zeigt, wie er sich weiterhin zwischen den Welten bewegt, während er versucht, ein Gleichgewicht zwischen seinen Pflichten gegenüber den Yokai und seinem menschlichen Leben zu finden.