In der TV-Spezialfolge "Doraemon trifft Hattori, den Ninja" treffen die Charaktere aus der Doraemon-Serie auf die Figuren aus der Serie "Ninja Hattori-kun". Die Handlung beginnt damit, dass Nobita, der Protagonist aus Doraemon, sich über seine schlechten Schulleistungen und sein mangelndes Selbstvertrauen beklagt. Doraemon, der Roboter-Katze aus der Zukunft, beschließt, ihm zu helfen, indem er ihn mit einem Ninja bekannt macht, der ihm Disziplin und Selbstvertrauen beibringen soll. Dies führt zur Begegnung mit Hattori Kanzo, einem jungen Ninja aus der Serie "Ninja Hattori-kun".

Hattori und sein Bruder Shinzo bieten an, Nobita in die Kunst des Ninjutsu einzuführen. Nobita ist zunächst begeistert, aber die Ausbildung erweist sich als schwieriger als erwartet. Während des Trainings treten jedoch Konflikte auf, als Kenichi, Hattoris Rivale, versucht, Nobita zu manipulieren, um Hattori zu besiegen. Kenichi nutzt Nobitas Naivität und Unsicherheit aus, um ihn gegen Hattori aufzuhetzen.

Im weiteren Verlauf der Geschichte kommt es zu einer Reihe von Missverständnissen und Auseinandersetzungen zwischen den Charakteren. Nobita gerät zwischen die Fronten und muss lernen, sich selbst zu vertrauen und seine eigenen Fähigkeiten zu erkennen. Mit der Hilfe von Doraemon und Hattori gelingt es ihm schließlich, Kenichis Einfluss zu widerstehen und seine Freundschaft mit Hattori zu stärken.

Die Handlung kombiniert humorvolle Elemente mit moralischen Lektionen über Freundschaft, Selbstvertrauen und die Bedeutung von harter Arbeit. Die Charaktere aus beiden Serien interagieren auf eine Weise, die ihre individuellen Persönlichkeiten und Dynamiken hervorhebt, während sie gemeinsam an Nobitas Entwicklung arbeiten. Die Geschichte endet mit einer Versöhnung und der Erkenntnis, dass wahre Stärke nicht nur in körperlichen Fähigkeiten, sondern auch in Charakter und Entschlossenheit liegt.