Die Kurzanimation "Blue Archive: 1.5th Anniversary Short Animation" spielt in der fiktiven Stadt Kivotos, einer Metropole, die von verschiedenen Akademien bevölkert wird, die jeweils von Schülern mit einzigartigen Fähigkeiten geleitet werden. Die Handlung konzentriert sich auf die Schüler der Schale-Akademie, insbesondere auf die Mitglieder des Schülerrates, die für die Aufrechterhaltung von Ordnung und Sicherheit in der Stadt verantwortlich sind. Die Geschichte beginnt mit einer scheinbar alltäglichen Situation, in der die Schülerinnen und Schüler ihre täglichen Aufgaben erledigen, doch schnell wird deutlich, dass eine mysteriöse Bedrohung die Stadt bedroht.

Die Protagonistin, Hoshino, eine entspannte und oft gelassene Schülerin, übernimmt die Führung, um die Bedrohung zu untersuchen. Zusammen mit ihren engsten Vertrauten, darunter die energische Serika und die ruhige, aber strategisch denkende Ayane, beginnt das Team, Hinweise zu sammeln. Dabei stoßen sie auf eine Reihe von Herausforderungen, darunter unerwartete Angriffe von unbekannten Gegnern und die Notwendigkeit, ihre eigenen Fähigkeiten und Ressourcen zu koordinieren. Die Handlung entwickelt sich zu einem Wettlauf gegen die Zeit, während die Gruppe versucht, die Quelle der Bedrohung zu identifizieren und zu neutralisieren.

Ein zentrales Element der Geschichte ist die Dynamik zwischen den Charakteren, die trotz ihrer unterschiedlichen Persönlichkeiten effektiv zusammenarbeiten müssen. Hoshinos Führungsqualitäten werden auf die Probe gestellt, während Serikas impulsives Verhalten und Ayanes analytischer Ansatz oft zu Konflikten, aber auch zu kreativen Lösungen führen. Die Animation beleuchtet auch die Beziehungen zwischen den Schülern und ihrer Umgebung, wobei die Stadt Kivotos als lebendiger und integraler Bestandteil der Handlung dient.

Die Handlung gipfelt in einer Konfrontation mit der mysteriösen Bedrohung, die sich als eine technologische Anomalie herausstellt, die die Stabilität der Stadt gefährdet. Die Schüler müssen ihre Fähigkeiten und ihr Vertrauen ineinander nutzen, um die Krise zu bewältigen und die Sicherheit von Kivotos zu gewährleisten. Die Kurzanimation endet mit einem Gefühl der Erleichterung, aber auch mit der Andeutung weiterer Herausforderungen, die auf die Schüler warten könnten.