"Engimon" (Film) erzählt die Geschichte einer fiktiven Welt, in der mysteriöse Kreaturen, bekannt als Engimon, existieren. Diese Wesen besitzen einzigartige Fähigkeiten und leben in Symbiose mit ihren menschlichen Partnern, den sogenannten Engi-Meistern. Die Handlung konzentriert sich auf den jungen Protagonisten Hiro, der in einem abgelegenen Dorf aufwächst und davon träumt, ein berühmter Engi-Meister zu werden. Nach einem unerwarteten Ereignis trifft Hiro auf ein seltenes Engimon namens Luminos, das eine besondere Verbindung zu ihm aufbaut.

Gemeinsam begeben sich Hiro und Luminos auf eine Reise, um das Geheimnis hinter einer alten Prophezeiung zu lüften, die von einer drohenden Katastrophe spricht, die die Welt der Engimon und Menschen bedroht. Während ihrer Reise treffen sie auf andere Engi-Meister und Engimon, die sowohl Verbündete als auch Gegner werden können. Die Gruppe muss zahlreiche Herausforderungen bestehen, darunter Kämpfe gegen mächtige, feindliche Engimon und die Aufdeckung von Intrigen, die von einer geheimnisvollen Organisation gesteuert werden.

Im Laufe der Geschichte wird die Beziehung zwischen Hiro und Luminos immer tiefer, und Hiro lernt, die verborgenen Kräfte seines Engimon zu nutzen. Gleichzeitig enthüllt die Handlung nach und nach die Hintergründe der Prophezeiung und die wahren Absichten der antagonistischen Kräfte. Der Film endet mit einem epischen Finale, in dem Hiro und seine Freunde ihre Stärke und ihren Zusammenhalt beweisen müssen, um die Welt vor der drohenden Zerstörung zu bewahren.