"A Certain Magical Index: The Miracle of Endymion" ist ein Anime-Film, der in der gleichen Welt wie die Serie "A Certain Magical Index" spielt. Die Handlung dreht sich um den Bau eines riesigen orbitalen Aufzugs namens Endymion, der als Symbol für den Fortschritt der Wissenschaft und Magie steht. Die Geschichte beginnt mit dem Zusammentreffen von Touma Kamijou, einem Schüler mit der Fähigkeit, übernatürliche Kräfte zu negieren, und Arisa, einer aufstrebenden Sängerin, die von einer mysteriösen Gruppe verfolgt wird. Arisa wird von Touma gerettet, und die beiden entwickeln eine Freundschaft.

Während der Bau des Endymion voranschreitet, kommt es zu Konflikten zwischen verschiedenen Fraktionen, darunter Wissenschaftler, Magier und Geheimorganisationen, die alle ihre eigenen Interessen verfolgen. Arisa wird zur zentralen Figur in diesen Auseinandersetzungen, da ihre einzigartige Stimme eine Schlüsselrolle bei der Aktivierung des Endymion spielt. Es wird enthüllt, dass ihre Stimme magische Eigenschaften besitzt, die sowohl für wissenschaftliche als auch für magische Zwecke genutzt werden können.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass der Endymion nicht nur ein technologisches Wunderwerk ist, sondern auch eine potenzielle Waffe darstellt, die die Machtbalance zwischen Wissenschaft und Magie gefährden könnte. Touma, unterstützt von seinen Freunden wie Index und Mikoto Misaka, versucht, Arisa zu beschützen und die Pläne der antagonistischen Kräfte zu vereiteln. Die Handlung gipfelt in einem dramatischen Konflikt, bei dem Touma seine Fähigkeiten einsetzen muss, um eine Katastrophe zu verhindern und Arisas Freiheit zu sichern.

Der Film verbindet Elemente aus Wissenschaft und Magie, wobei die Charaktere in eine komplexe Handlung verwickelt werden, die sowohl persönliche als auch globale Konflikte umfasst. Die Beziehung zwischen Touma und Arisa steht im Mittelpunkt, während gleichzeitig die größeren Themen wie Macht, Fortschritt und die Konsequenzen menschlicher Ambitionen behandelt werden.