Die OVA "Mikagura Detective Agency" erzählt die Geschichte der jungen Detektivin Mikagura, die in einer kleinen Stadt ein Detektivbüro betreibt. Zusammen mit ihrem Assistenten, einem ehemaligen Polizisten, nimmt sie sich verschiedener Fälle an, die oft ungewöhnliche und mysteriöse Elemente beinhalten. Die Handlung konzentriert sich auf die Aufklärung dieser Fälle, wobei Mikaguras scharfer Verstand und ihre unkonventionellen Methoden im Mittelpunkt stehen.

Ein zentraler Fall dreht sich um das Verschwinden eines lokalen Geschäftsmannes, der scheinbar spurlos verschwunden ist. Mikagura und ihr Assistent folgen einer Spur, die sie in die Unterwelt der Stadt führt, wo sie auf kriminelle Netzwerke und gefährliche Persönlichkeiten stoßen. Dabei decken sie nicht nur die Wahrheit hinter dem Verschwinden auf, sondern stoßen auch auf ein größeres Komplott, das die Stadt bedroht.

Die Charaktere sind vielschichtig angelegt: Mikagura ist eine eigenwillige, aber hochintelligente Protagonistin, deren Vergangenheit im Verlauf der Geschichte langsam enthüllt wird. Ihr Assistent, der durch einen früheren Fehler seinen Job bei der Polizei verloren hat, bietet einen pragmatischen Gegenpol zu Mikaguras intuitivem Vorgehen. Die Dynamik zwischen den beiden bildet einen wichtigen Teil der Erzählung, wobei ihre Zusammenarbeit sowohl von Konflikten als auch von gegenseitigem Respekt geprägt ist.

Die OVA kombiniert Elemente des klassischen Detektivgenres mit einer düsteren, urbanen Atmosphäre, wobei die Handlung durch überraschende Wendungen und sorgfältig konstruierte Rätsel geprägt ist. Die Fälle sind eng mit den persönlichen Geschichten der Charaktere verknüpft, was der Handlung zusätzliche Tiefe verleiht.