Die OVA "Girl in the Shell" erzählt eine Geschichte, die in einer futuristischen Welt angesiedelt ist, in der Technologie und menschliche Existenz eng miteinander verwoben sind. Die Protagonistin, eine junge Frau namens Mira, ist eine Cyborg, deren Körper fast vollständig aus mechanischen Teilen besteht. Sie arbeitet für eine Spezialeinheit, die sich mit Cyberkriminalität und hochkomplexen Sicherheitsbedrohungen auseinandersetzt. Mira besitzt außergewöhnliche Fähigkeiten, darunter die Fähigkeit, sich in Netzwerke einzuhacken und ihre Umgebung mit technologischen Mitteln zu manipulieren.

Die Handlung beginnt mit der Untersuchung einer Reihe von mysteriösen Vorfällen, bei denen hochrangige Persönlichkeiten Ziel von Cyberangriffen werden. Diese Angriffe scheinen von einer unbekannten, aber äußerst mächtigen Entität gesteuert zu werden, die sich tief in den digitalen Schatten versteckt hält. Mira und ihr Team versuchen, die Quelle dieser Bedrohung zu identifizieren, stoßen dabei jedoch auf immer komplexere Hindernisse. Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Angriffe nicht nur technologischer Natur sind, sondern auch existenzielle Fragen über die Grenzen zwischen Mensch und Maschine aufwerfen.

Ein zentrales Thema der Handlung ist die Identität und das Selbstverständnis von Mira. Als Cyborg stellt sie sich immer wieder die Frage, inwieweit sie noch menschlich ist und welche Rolle ihre Erinnerungen und Emotionen in ihrer Existenz spielen. Diese inneren Konflikte werden durch die Begegnung mit einem mysteriösen Hacker verstärkt, der behauptet, Zugang zu ihren verborgenen Erinnerungen zu haben. Diese Begegnung führt Mira auf eine Reise, die nicht nur die Aufklärung der Cyberangriffe zum Ziel hat, sondern auch ihre eigene Vergangenheit und die Natur ihrer Existenz beleuchtet.

Die Handlung ist geprägt von einer dichten Atmosphäre, die die Spannung zwischen technologischem Fortschritt und menschlicher Fragilität verdeutlicht. Die Charaktere, insbesondere Mira, sind vielschichtig und werden durch ihre Interaktionen und Entscheidungen weiterentwickelt. Die OVA kombiniert Action, Science-Fiction und philosophische Untertöne, um eine Geschichte zu erzählen, die sowohl unterhaltsam als auch zum Nachdenken anregend ist.