"Fafner" ist eine Anime-Serie, die in einer postapokalyptischen Welt spielt, in der die Menschheit gegen eine mysteriöse Spezies namens Festum kämpft. Die Handlung konzentriert sich auf die Bewohner der Insel Tatsumiyajima, die durch einen Schutzschild vor den Festum geschützt ist. Die Festum sind außerirdische Wesen, die alles assimilieren und zerstören, was ihnen in den Weg kommt. Um sich zu verteidigen, entwickeln die Menschen riesige Kampfmaschinen, die Fafner, die von jungen Piloten gesteuert werden.

Die Serie beginnt mit dem Protagonisten Kazuki Makabe, einem Jugendlichen, der auf der Insel lebt und zunächst kein Interesse daran hat, ein Fafner-Pilot zu werden. Als die Festum jedoch die Insel angreifen, wird er gezwungen, in den Kampf einzugreifen. Zusammen mit anderen Piloten, darunter sein Freund Soushi Minashiro, kämpft Kazuki gegen die Festum und entdeckt dabei nach und nach die Geheimnisse der Insel und die wahren Absichten der Festum.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Festum nicht nur zerstörerische Wesen sind, sondern auch eine komplexe Beziehung zur Menschheit haben. Sie versuchen, die menschliche Existenz zu verstehen und assimilieren Menschen, um ihre Gedanken und Gefühle zu erfassen. Dies führt zu Konflikten, in denen die Grenzen zwischen Mensch und Festum verschwimmen. Die Piloten der Fafner müssen nicht nur gegen die äußere Bedrohung kämpfen, sondern auch mit den inneren Konflikten und den psychologischen Belastungen, die der Kampf mit sich bringt.

Ein zentrales Thema der Serie ist die Frage nach Identität und Existenz. Die Charaktere müssen sich mit ihrer eigenen Menschlichkeit auseinandersetzen und herausfinden, was es bedeutet, in einer Welt zu leben, die von ständiger Bedrohung geprägt ist. Die Beziehung zwischen Kazuki und Soushi spielt dabei eine wichtige Rolle, da sie beide unterschiedliche Wege gehen, um die Bedrohung durch die Festum zu bewältigen.

Die Handlung entwickelt sich über mehrere Staffeln hinweg, wobei neue Charaktere und Bedrohungen eingeführt werden. Die Serie behandelt auch die politischen und ethischen Aspekte des Krieges, insbesondere die Frage, ob es möglich ist, mit den Festum zu koexistieren oder ob ihre Vernichtung die einzige Lösung ist. Die komplexe Erzählstruktur und die tiefgründigen Charaktere machen "Fafner" zu einer Serie, die sowohl actionreiche Szenen als auch philosophische Fragen behandelt.