"Jinzō Mahō Shōjo Kaini" ist ein Anime-Film, der eine düstere und komplexe Geschichte erzählt, die sich um die Protagonistin Kaini Amamiya dreht. Kaini ist ein junges Mädchen, das in einer Welt lebt, in der magische Mädchen existieren, die als Waffen in einem geheimen Krieg eingesetzt werden. Diese magischen Mädchen, bekannt als "Kaini", sind künstlich geschaffene Wesen, die von einer mysteriösen Organisation kontrolliert werden. Sie kämpfen gegen Monster, die als "Shoujo" bezeichnet werden und die Menschheit bedrohen.

Kaini Amamiya wird selbst zu einer Kaini, nachdem sie von der Organisation rekrutiert wird. Sie erhält magische Kräfte und eine Waffe, die sie im Kampf gegen die Shoujo einsetzen kann. Allerdings ist ihr neues Leben von Schmerz und Verlust geprägt, da die Kaini nur eine begrenzte Lebensdauer haben und ihre Existenz von der Organisation streng kontrolliert wird. Kaini muss nicht nur gegen die Shoujo kämpfen, sondern auch gegen ihre eigenen inneren Konflikte und die moralischen Dilemmata, die mit ihrer Rolle verbunden sind.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Organisation, die die Kaini kontrolliert, ihre eigenen dunklen Geheimnisse hat. Kaini beginnt, die wahren Absichten der Organisation in Frage zu stellen und sucht nach einer Möglichkeit, sich aus deren Griff zu befreien. Dabei trifft sie auf andere Kaini, die ähnliche Erfahrungen gemacht haben und sich ebenfalls gegen die Organisation auflehnen. Gemeinsam versuchen sie, die Wahrheit über ihre Existenz und den Krieg gegen die Shoujo aufzudecken.

Der Film behandelt Themen wie Identität, Freiheit und die moralischen Konsequenzen von Macht und Kontrolle. Die Handlung ist geprägt von emotionalen Höhepunkten und tragischen Momenten, die die Beziehungen zwischen den Charakteren und ihre individuellen Kämpfe verdeutlichen. Kaini Amamiya steht im Mittelpunkt der Geschichte, während sie versucht, ihren Platz in einer Welt zu finden, die von Konflikten und Geheimnissen geprägt ist.