Die zweite Staffel von "A Couple of Cuckoos" setzt die Geschichte von Nagi Umino und Erika Amano fort, die aufgrund einer Verwechslung bei der Geburt ihre biologischen Familien erst im Teenageralter kennenlernen. Nagi, ein strebsamer und intelligenter Schüler, und Erika, eine lebensfrohe und etwas chaotische Influencerin, müssen sich weiterhin mit ihrer ungewöhnlichen Familiensituation auseinandersetzen. Ihre Eltern beschließen, dass die beiden zusammenleben sollen, um ihre Beziehung als Geschwister zu stärken, was zu zahlreichen komischen und emotionalen Situationen führt.

Nagi ist weiterhin in Hiro Segawa verliebt, seine Klassenkameradin und langjährige Freundin, die jedoch Gefühle für ihn zu entwickeln scheint, ohne sie klar auszudrücken. Gleichzeitig wird Erika von Sachi Umino, Nagis Zwillingsschwester, herausgefordert, die ihre eigenen Gefühle für Nagi nicht verbergen kann. Die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren werden durch das Hinzukommen weiterer Figuren noch verstärkt, darunter Ai, eine ehemalige Freundin von Nagi, die seine Gefühle für Hiro in Frage stellt.

Die Handlung der zweiten Staffel vertieft die emotionalen Konflikte und die romantischen Verwicklungen zwischen den Charakteren. Nagi steht im Mittelpunkt mehrerer Liebesdreiecke, während Erika versucht, ihre eigenen Gefühle für ihn zu verstehen und gleichzeitig ihre Rolle als seine Schwester zu akzeptieren. Die Serie thematisiert Themen wie Identität, Familie und die Herausforderungen des Erwachsenwerdens, während die Charaktere mit ihren eigenen Unsicherheiten und Wünschen kämpfen.

Die Dynamik zwischen Nagi, Erika, Hiro und Sachi bleibt ein zentraler Aspekt der Handlung, wobei jede Figur ihre eigene Entwicklung durchläuft. Die Staffel endet mit offenen Fragen und Spannungen, die auf mögliche Fortsetzungen oder Lösungen in zukünftigen Episoden hindeuten.