Die Anime-Serie "9-nine-" basiert auf einer visuellen Romanreihe und spielt in der fiktiven Stadt Shiromitsugawa, die durch eine mysteriöse Serie von Überfällen und Vorfällen erschüttert wird. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Schülern, die in diese Ereignisse verwickelt werden, nachdem sie Artefakte namens "Reliquien" entdecken, die übernatürliche Kräfte verleihen. Diese Reliquien stammen aus einer anderen Welt und ziehen sowohl die Protagonisten als auch gefährliche Gegner an.

Der Protagonist Kakeru Niimi, ein normaler Schüler, stolpert zufällig über eine Reliquie, die ihm die Fähigkeit verleiht, die Gedanken anderer zu lesen. Zusammen mit seinen Mitschülerinnen, darunter die ruhige und intelligente Miyako Kujo, die energische Sora Amamiya und die zurückhaltende Noa Hiiragi, beginnt er, die Geheimnisse der Reliquien und ihre Verbindung zu den jüngsten Vorfällen zu erforschen. Jede der Charaktere besitzt einzigartige Fähigkeiten, die durch die Reliquien aktiviert werden, und sie müssen lernen, diese Kräfte zu nutzen, um sich gegen die Bedrohungen zu wehren.

Im Laufe der Serie enthüllt sich, dass die Reliquien Teil eines größeren Konflikts zwischen zwei Welten sind. Eine Organisation namens "Freemason" versucht, die Reliquien für ihre eigenen Zwecke zu missbrauchen, während die Protagonisten versuchen, ihre Stadt und ihre Freunde zu schützen. Die Handlung entwickelt sich durch mehrere Wendungen, bei denen die Charaktere mit moralischen Dilemmata, persönlichen Tragödien und der Frage konfrontiert werden, wie weit sie gehen sollten, um ihre Ziele zu erreichen.

Die Serie ist in mehrere Episoden unterteilt, die jeweils einen Fokus auf eine der Hauptfiguren legen, wodurch deren Hintergründe und Motivationen vertieft werden. Gleichzeitig wird die übergeordnete Handlung vorangetrieben, die sich um die Aufklärung der Geheimnisse der Reliquien und die Rettung der Stadt dreht. Die Beziehungen zwischen den Charakteren spielen eine zentrale Rolle, wobei Romantik, Freundschaft und Konflikte die Dynamik der Gruppe prägen.

"9-nine-" kombiniert Elemente des Übernatürlichen, Mystery und Schuldrama, wobei die Handlung durch eine Mischung aus actionreichen Szenen und emotionalen Momenten vorangetrieben wird. Die Serie endet mit offenen Fragen und Andeutungen auf eine Fortsetzung, die die Zuschauer dazu einlädt, die Geschichte in weiteren Teilen der Serie zu verfolgen.