"Kill Me Baby" ist eine Comedy-Serie, die sich auf die absurd-komischen Alltagsabenteuer zweier Schülerinnen konzentriert. Die Handlung spielt in einer japanischen Highschool und dreht sich um die Freundschaft zwischen Yasuna Oribe, einer lebhaften und neugierigen Schülerin, und Sonya, einem Mädchen, das als Auftragsmörderin ausgebildet wurde. Sonya ist stets ernst und wachsam, während Yasuna oft naiv und unbekümmert agiert. Die Dynamik zwischen den beiden bildet den Kern der Serie, wobei Yasuna häufig versucht, Sonya in normale Freundschaftsaktivitäten einzubinden, was aufgrund von Sonyas tödlichen Fähigkeiten und ihrer paranoide Natur regelmäßig in Chaos endet.

Ein weiterer wiederkehrender Charakter ist Agiri Goshiki, eine Ninja-Schülerin, die oft versucht, Sonya herauszufordern, aber meist erfolglos bleibt. Die Serie besteht aus kurzen, episodischen Geschichten, die sich auf humorvolle Situationen und Missverständnisse konzentrieren. Die Handlung ist weitgehend episodisch, ohne eine durchgehende Handlungslinie, und präsentiert stattdessen eine Reihe von skurrilen und oft surrealen Szenarien. Die Interaktionen zwischen den Charakteren sind geprägt von slapstickartigem Humor, absurden Dialogen und gelegentlichen Action-Elementen, die sich aus Sonyas Fähigkeiten ergeben.

Trotz des Titels und der Prämisse, die auf Gewalt hindeuten könnten, ist die Serie überwiegend harmlos und konzentriert sich auf den komödiantischen Aspekt der Charakterdynamiken. Die Handlung bleibt leicht und unterhaltsam, ohne tiefgreifende Konflikte oder dramatische Entwicklungen. Die Serie lebt von der Chemie zwischen den Charakteren und ihrem absurden Umgang mit alltäglichen Situationen, die durch ihre einzigartigen Persönlichkeiten und Fähigkeiten ins Extreme getrieben werden.