"AKB0048" spielt in einer dystopischen Zukunft, in der Unterhaltung und künstlerischer Ausdruck von einer interstellaren Regierung verboten wurden. Die Serie dreht sich um eine Gruppe von Mädchen, die Teil der legendären Idol-Gruppe AKB0048 werden wollen, einer Nachfolgeorganisation der historischen japanischen Idol-Gruppe AKB48. Diese Gruppe widersetzt sich dem Verbot und tritt mit spektakulären Live-Shows auf, die oft von Regierungstruppen angegriffen werden. Die Mädchen sind nicht nur Sängerinnen und Tänzerinnen, sondern auch Kämpferinnen, die ihre Auftritte und ihre Freiheit verteidigen.

Die Handlung beginnt mit der Rekrutierung neuer Mitglieder für AKB0048. Die Protagonistinnen, darunter Nagisa Motomiya und ihre Freundin Suzuko, träumen davon, Teil der Gruppe zu werden. Sie durchlaufen ein hartes Training, um sich für die nächste Generation der Idols zu qualifizieren. Dabei müssen sie nicht nur ihre künstlerischen Fähigkeiten verbessern, sondern auch lernen, mit den Gefahren umzugehen, die mit ihrem rebellischen Lebensstil verbunden sind. Die Serie zeigt ihre Entwicklung von einfachen Fans zu vollwertigen Mitgliedern der Gruppe, die sowohl auf der Bühne als auch im Kampf bestehen müssen.

Ein zentrales Element der Serie ist das Konzept des "Kirara", einer mystischen Energie, die einige der Mädchen besitzen und die sie während ihrer Auftritte nutzen, um das Publikum zu begeistern. Diese Energie spielt auch eine Rolle im Kampf gegen die Regierungstruppen. Die Charaktere müssen lernen, ihre individuellen Stärken zu nutzen und als Team zusammenzuarbeiten, um sowohl ihre Träume als auch ihre Freiheit zu schützen.

Die Serie verbindet Elemente des Science-Fiction mit dem Idol-Genre und thematisiert dabei Themen wie Rebellion, Selbstfindung und die Kraft der Kunst. Die Charaktere sind vielfältig und repräsentieren unterschiedliche Persönlichkeiten und Hintergründe, was ihre Dynamik und Entwicklung bereichert. Die Handlung ist geprägt von emotionalen Höhepunkten, actionreichen Szenen und musikalischen Darbietungen, die die Botschaft der Serie unterstreichen.