"Persona 3 the Movie" ist eine vierteilige Anime-Filmreihe, die auf dem gleichnamigen Rollenspiel basiert. Die Handlung spielt in der fiktiven Stadt Iwatodai und dreht sich um den Protagonisten, einen namenlosen Transferstudenten, der an die Gekkoukan High School wechselt. Kurz nach seiner Ankunft wird er mit der sogenannten "Dark Hour" konfrontiert, einer mysteriösen Zeitspanne zwischen einem Tag und dem nächsten, die nur bestimmte Personen wahrnehmen können. Während der Dark Hour verwandelt sich die Welt in eine düstere, bedrohliche Version, und gefährliche Kreaturen, die Shadows, tauchen auf.

Der Protagonist entdeckt, dass er die Fähigkeit besitzt, ein "Persona" zu beschwören, eine Manifestation seiner inneren Psyche, die gegen die Shadows kämpfen kann. Er schließt sich der Gruppe "SEES" (Specialized Extracurricular Execution Squad) an, einer Gruppe von Schülern, die ebenfalls Personas nutzen, um die Dark Hour zu erforschen und die Shadows zu bekämpfen. Die Gruppe wird von Mitsuru Kirijo, der Tochter des Schuldirektors, angeführt und besteht aus weiteren Mitgliedern wie Akihiko Sanada, einem erfahrenen Kämpfer, und Yukari Takeba, einer Klassenkameradin des Protagonisten.

Im Laufe der Geschichte enthüllt sich, dass die Dark Hour und die Shadows mit dem Tartarus, einem riesigen, sich ständig verändernden Turm, verbunden sind, der während der Dark Hour erscheint. Die SEES-Mitglieder erkunden den Tartarus, um dessen Geheimnisse zu lüften und die Bedrohung durch die Shadows zu beseitigen. Dabei stoßen sie auf tiefgreifende moralische und philosophische Fragen, insbesondere im Zusammenhang mit dem Konzept des Todes und dem Sinn des Lebens.

Ein zentrales Element der Handlung ist die Beziehung des Protagonisten zu seinen Mitstreitern und anderen Bewohnern der Stadt. Durch sogenannte "Social Links" entwickelt er Bindungen zu verschiedenen Personen, die nicht nur seine Fähigkeiten im Kampf stärken, sondern auch die emotionalen und thematischen Tiefen der Geschichte erweitern. Besonders prägend ist die Beziehung zu Aigis, einem humanoiden Roboter, der ursprünglich geschaffen wurde, um Shadows zu bekämpfen, aber im Laufe der Zeit menschliche Emotionen entwickelt.

Die Handlung gipfelt in einer Konfrontation mit Nyx, einer antiken Gottheit, die mit dem Ende der Welt in Verbindung gebracht wird. Der Protagonist und seine Gefährten müssen alles daransetzen, um diese Bedrohung abzuwenden, was zu einem emotional aufgeladenen und bittersüßen Finale führt. Die Geschichte behandelt Themen wie Schicksal, Verlust und die Bedeutung menschlicher Verbindungen, während sie die Charaktere vor schwierige Entscheidungen stellt, die ihre Zukunft und die der Welt beeinflussen.