Die OVA "Chrono Trigger" basiert auf dem gleichnamigen Rollenspiel und erzählt eine komprimierte Version der Handlung des Spiels. Die Geschichte beginnt im Jahr 1000, als der Protagonist Crono, ein junger Schwertkämpfer, auf der Millennial Fair in Truce auf die mysteriöse Marle trifft. Marle entpuppt sich als Prinzessin Nadia, die vor ihrem königlichen Leben flieht. Gemeinsam mit Crono und dessen Freundin Lucca testen sie eine von Lucca entwickelte Zeitmaschine, die sie versehentlich in die Vergangenheit, ins Jahr 600, katapultiert. Dort treffen sie auf den Ritter Frog, der sich auf eine Mission begibt, um den bösen Magier Magus zu besiegen, der für den Untergang des Königreichs Guardia verantwortlich gemacht wird.

Im Laufe der Handlung reisen die Charaktere durch verschiedene Zeitperioden, darunter die prähistorische Ära, die Zukunft und die mittelalterliche Zeit. Sie erfahren, dass die Welt durch eine apokalyptische Katastrophe bedroht ist, die als "Lavos" bekannt ist, ein mächtiges Wesen, das tief unter der Erde schlummert und die Zivilisationen im Laufe der Zeit immer wieder zerstört. Die Gruppe beschließt, Lavos zu bekämpfen, um die Zukunft der Welt zu retten. Dabei treffen sie auf weitere Verbündete, darunter den Roboter Robo, die prähistorische Kriegerin Ayla und den geheimnisvollen Magus, dessen wahre Absichten zunächst unklar sind.

Die Handlung konzentriert sich auf die Entwicklung der Charaktere und ihre Beziehungen zueinander, während sie gegen verschiedene Feinde kämpfen und Rätsel lösen, um die Zeitlinie zu korrigieren. Die OVA fasst die komplexe Handlung des Spiels in einer linearen Erzählung zusammen, wobei die Zeitreisen und die Auswirkungen der Handlungen der Gruppe auf die verschiedenen Epochen im Mittelpunkt stehen. Die Geschichte endet mit einem finalen Kampf gegen Lavos, bei dem die Gruppe ihre Kräfte vereint, um die Zukunft der Welt zu sichern.