"Xenosaga: The Animation" ist eine Anime-Serie, die auf dem gleichnamigen Rollenspiel von Monolith Soft basiert. Die Handlung spielt in einer fernen Zukunft, in der die Menschheit das Sonnensystem kolonisiert hat und in einem Konflikt mit einer mysteriösen außerirdischen Bedrohung, den Gnosis, verwickelt ist. Die Geschichte beginnt mit Shion Uzuki, einer jungen Wissenschaftlerin, die für das Unternehmen Vector arbeitet und an der Entwicklung des Androiden KOS-MOS beteiligt ist. KOS-MOS wurde geschaffen, um gegen die Gnosis zu kämpfen, birgt jedoch Geheimnisse, die weit über ihre ursprüngliche Programmierung hinausgehen.

Während einer Routineinspektion des Raumschiffs Woglinde wird die Crew von den Gnosis angegriffen, was zu einer Katastrophe führt. Shion und KOS-MOS überleben den Angriff und schließen sich einer Gruppe von Überlebenden an, darunter der mysteriöse Junge Jr., der Anführer der Organisation Scientia, und seine Gefährten. Gemeinsam begeben sie sich auf eine Reise, um die Wahrheit hinter den Gnosis, dem Zohar, einem uralten Artefakt mit unvorstellbarer Macht, und der wahren Natur von KOS-MOS zu enthüllen.

Im Laufe der Serie werden die Charaktere mit komplexen moralischen Dilemmata, persönlichen Konflikten und den Geheimnissen ihrer eigenen Vergangenheit konfrontiert. Shion muss sich mit ihrer Rolle als Schöpferin von KOS-MOS auseinandersetzen, während Jr. und seine Gefährten ihre eigenen Motive und Verbindungen zu den Ereignissen offenbaren. Die Handlung wird durch philosophische und religiöse Themen geprägt, die Fragen nach der Natur der Existenz, der Menschheit und der Technologie aufwerfen.

Die Serie verbindet Science-Fiction-Elemente mit einer tiefgründigen Charakterentwicklung und einer komplexen, mehrschichtigen Handlung. Die Interaktionen zwischen den Charakteren, insbesondere zwischen Shion und KOS-MOS, spielen eine zentrale Rolle, während die Handlung immer wieder überraschende Wendungen nimmt. "Xenosaga: The Animation" bietet eine dichte Erzählung, die sowohl Fans des Originalspiels als auch neue Zuschauer anspricht, und präsentiert eine Welt, die reich an Mysterien und Konflikten ist.