"Rockman.EXE Stream" ist die dritte Staffel der "Rockman.EXE"-Anime-Serie, die auf dem gleichnamigen Mega-Man-Spiel-Franchise basiert. Die Handlung setzt die Abenteuer von Lan Hikari und seinem NetNavi MegaMan.EXE fort, die in einer Welt spielen, in der die reale und die virtuelle Welt eng miteinander verflochten sind. Die Serie vertieft die Dynamik zwischen den Charakteren und erweitert die Bedrohungen, mit denen sie konfrontiert sind.

Die Geschichte beginnt mit Lan und MegaMan, die weiterhin als Team gegen Cyberkriminalität und bösartige NetNavi-Programme kämpfen. In dieser Staffel wird die Organisation "Nebula" als neue Hauptbedrohung eingeführt. Nebula ist eine kriminelle Vereinigung, die gefährliche Experimente mit DarkChips durchführt, die NetNavis korrumpieren und immense Zerstörung verursachen können. Die Organisation wird von ShadeMan.EXE angeführt, einem mächtigen und rätselhaften NetNavi, der eine zentrale Rolle in der Handlung spielt.

Im Laufe der Serie wird die Beziehung zwischen Lan und MegaMan weiterentwickelt, während sie sich neuen Herausforderungen stellen. Ein wiederkehrendes Thema ist die moralische Ambivalenz der DarkChips, die zwar immense Macht verleihen, aber auch schwerwiegende Konsequenzen für die Nutzer haben. Lan und MegaMan müssen lernen, mit diesen Versuchungen umzugehen, während sie gleichzeitig ihre Freunde und die virtuelle Welt schützen.

Zu den neuen Charakteren gehört Chaud Blaze, ein begabter NetBattler und Rivale von Lan, sowie sein NetNavi ProtoMan.EXE. Chaud spielt eine wichtige Rolle, da er oft mit Lan zusammenarbeitet, um Nebula zu bekämpfen, obwohl ihre Beziehung von Konkurrenz geprägt ist. Weitere Nebenfiguren wie Mayl, Yai und Dex unterstützen Lan auf unterschiedliche Weise, während sie selbst mit ihren eigenen NetNavis Rollen in der Handlung übernehmen.

Ein zentraler Handlungsstrang dreht sich um die Entstehung und Ziele von Nebula. Die Organisation versucht, die Kontrolle über die virtuelle Welt zu erlangen, indem sie DarkChips verbreitet und mächtige NetNavis manipuliert. Im Verlauf der Serie decken Lan und MegaMan die wahren Absichten von Nebula auf und müssen sich einer Reihe von gefährlichen Gegnern stellen, darunter auch ShadeMan.EXE, der sich als einer der stärksten Antagonisten der Serie erweist.

Die Staffel endet mit einem epischen Finale, in dem Lan und MegaMan ihre Fähigkeiten und ihre Entschlossenheit unter Beweis stellen, um die virtuelle Welt vor der Zerstörung zu bewahren. Die Handlung legt den Grundstein für zukünftige Konflikte und Entwicklungen, während sie gleichzeitig die Charaktertiefe und die Beziehungen zwischen den Protagonisten weiter ausbaut.