In der OVA "Detective Conan: Conan und Heiji und der verschwundene Junge" arbeiten die beiden Detektive Conan Edogawa und Heiji Hattori zusammen, um einen mysteriösen Fall zu lösen. Die Geschichte beginnt damit, dass ein Junge namens Takuma Sakamoto plötzlich verschwindet, nachdem er sich mit Conan und Heiji getroffen hat. Takuma hatte zuvor behauptet, von einem Mann verfolgt zu werden, und bat die beiden Detektive um Hilfe. Als sie seinen Aufenthaltsort untersuchen, finden sie Hinweise, die auf eine Entführung hindeuten.

Conan und Heiji verfolgen die Spuren des Jungen und stoßen auf eine Reihe von Rätseln, die sie nach und nach entschlüsseln müssen. Dabei entdecken sie, dass Takumas Verschwinden mit einem größeren Verbrechen zusammenhängt, das in der Vergangenheit liegt. Die beiden Detektive nutzen ihre kombinierten Fähigkeiten in Logik und Deduktion, um die Verbindungen zwischen den Ereignissen herzustellen und den Fall zu lösen. Im Laufe der Ermittlungen treffen sie auf verschiedene Verdächtige, darunter auch Personen aus Takumas Umfeld, die möglicherweise ein Motiv für sein Verschwinden haben könnten.

Die Handlung ist geprägt von typischen Elementen der Detektivserie, wie kniffligen Rätseln, überraschenden Wendungen und der Zusammenarbeit zwischen Conan und Heiji. Die Dynamik zwischen den beiden Charakteren, die sich trotz ihrer unterschiedlichen Persönlichkeiten gegenseitig respektieren und ergänzen, steht im Mittelpunkt der Geschichte. Die OVA bietet eine in sich abgeschlossene Handlung, die sowohl für langjährige Fans der Serie als auch für neue Zuschauer zugänglich ist.