"Qualidea Code" spielt in einer Welt, in der die Menschheit nach einem verheerenden Krieg gegen mysteriöse feindliche Wesen, bekannt als "Unbekannte", ums Überleben kämpft. Die Überlebenden, darunter Kinder, wurden in Kälteschlaf versetzt, um sie vor den Angriffen zu schützen. Jahrzehnte später erwachen diese Kinder in einer veränderten Welt, in der sie selbst die Hauptverteidiger gegen die Unbekannten geworden sind. Die Handlung konzentriert sich auf drei Stadtstaaten – Tokio, Kanagawa und Chiba –, die jeweils von jungen Kommandanten geführt werden, die über spezielle Fähigkeiten verfügen, die sie im Kampf gegen die Feinde einsetzen.

In Tokio führt Hotaru Rindou eine Gruppe von Schülern an, die für ihre strategische Brillanz und Disziplin bekannt ist. In Kanagawa übernimmt Asuha Chigusa die Führung, unterstützt von ihrem Bruder Kasumi, der trotz seiner scheinbaren Faulheit über immense Kampfkraft verfügt. In Chiba steht Ichiya Suzaku an der Spitze, ein charismatischer und ehrgeiziger Anführer, der von seiner loyalen Partnerin Maihime Tenkawa unterstützt wird. Jeder Stadtstaat verfügt über einzigartige Verteidigungssysteme und Fähigkeiten, die von den individuellen "World Codes" ihrer Anführer abhängen.

Die Handlung entfaltet sich, als die Protagonisten herausfinden, dass die Unbekannten möglicherweise nicht die einzige Bedrohung darstellen. Im Laufe der Serie werden Intrigen, versteckte Agenden und die wahren Ursprünge der Unbekannten aufgedeckt. Die Charaktere müssen nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch mit internen Konflikten und moralischen Dilemmata umgehen. Die Beziehungen zwischen den Anführern und ihren Teams spielen eine zentrale Rolle, wobei Loyalität, Vertrauen und Rivalitäten die Dynamik prägen.

Die Serie verbindet Action, Science-Fiction und dramatische Elemente, während sie die Entwicklung der Charaktere und ihre individuellen Motivationen erforscht. Die Handlung nimmt unerwartete Wendungen, insbesondere als die wahren Absichten der Erwachsenen, die die Kinder einst in den Kälteschlaf versetzten, ans Licht kommen. Die finale Konfrontation offenbart die Komplexität des Konflikts und die moralischen Grauzonen, in denen sich die Protagonisten bewegen.