"Classroom of the Elite" spielt in der fiktiven Elite-Hochschule Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing School, die darauf abzielt, die zukünftige Führungselite Japans auszubilden. Die Schüler werden in Klassen eingeteilt, die von A (die beste) bis D (die schlechteste) reichen, basierend auf ihren akademischen und sozialen Fähigkeiten. Die Serie konzentriert sich auf die Klasse D, die als die am wenigsten talentierte gilt, und insbesondere auf den scheinbar durchschnittlichen Schüler Kiyotaka Ayanokōji.

Kiyotaka Ayanokōji ist ein ruhiger und zurückhaltender Protagonist, dessen wahre Fähigkeiten und Intelligenz zunächst verborgen bleiben. Er wird in die Klasse D eingestuft und trifft dort auf eine Reihe von Mitschülern, darunter die ehrgeizige Suzune Horikita, die sich von der Klasse D distanzieren möchte, und die lebhafte Kikyō Kushida, die sich bemüht, bei allen beliebt zu sein. Die Schule verwendet ein einzigartiges Punktesystem, bei dem die Schüler monatlich Punkte erhalten, die als Geld verwendet werden können. Die Klasse D erhält jedoch aufgrund ihrer niedrigen Bewertung kaum Punkte, was zu finanziellen und sozialen Herausforderungen führt.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Prüfungen und Wettbewerben, bei denen die Klassen gegeneinander antreten, um Punkte und Status zu gewinnen. Diese Prüfungen testen nicht nur die akademischen Fähigkeiten, sondern auch die sozialen und strategischen Kompetenzen der Schüler. Kiyotaka, der sich zunächst passiv verhält, beginnt allmählich, seine wahren Fähigkeiten zu zeigen, indem er strategische Entscheidungen trifft und die Dynamik innerhalb der Klasse beeinflusst. Seine Handlungen sind oft von einem kühlen, berechnenden Verstand geprägt, der darauf abzielt, die Klasse D voranzubringen, ohne dabei im Rampenlicht zu stehen.

Neben den schulischen Herausforderungen gibt es auch zwischenmenschliche Konflikte und Intrigen, die die Beziehungen zwischen den Schülern prägen. Suzune Horikita strebt danach, die Klasse D zu verbessern, stößt jedoch auf Widerstand und Misstrauen von ihren Mitschülern. Kikyō Kushida, die scheinbar freundlich und hilfsbereit ist, hat eine komplexe Persönlichkeit und verfolgt ihre eigenen Ziele. Weitere wichtige Charaktere sind der sportliche Ken Sudō, der oft in Konflikte gerät, und der intelligente, aber manipulativ veranlagte Yōsuke Hirata.

Die Serie erkundet Themen wie soziale Hierarchien, Machtspiele und die Auswirkungen von Wettbewerb auf die menschliche Psyche. Die Schüler müssen nicht nur akademische Herausforderungen meistern, sondern auch lernen, in einer Umgebung zu überleben, in der Vertrauen und Loyalität oft auf dem Spiel stehen. Die Handlung wird durch eine Mischung aus psychologischen Spannungen, strategischem Denken und zwischenmenschlichen Beziehungen vorangetrieben, wobei Kiyotaka Ayanokōji im Mittelpunkt steht, dessen wahre Absichten und Vergangenheit im Verlauf der Serie allmählich enthüllt werden.