".hack//Intermezzo" ist eine OVA, die im Rahmen des ".hack//"-Franchises spielt und als Brücke zwischen den Serien ".hack//Sign" und ".hack//Liminality" fungiert. Die Handlung konzentriert sich auf die Charaktere aus ".hack//Sign" und spielt im virtuellen MMORPG "The World". Die OVA zeigt die Auswirkungen der Ereignisse aus ".hack//Sign" auf die Spieler und ihre Beziehungen zueinander.

Die Geschichte beginnt mit Tsukasa, einem Spieler, der im vorherigen Teil eine zentrale Rolle spielte, als er sich langsam aus seiner Isolation löst und wieder Kontakt zu anderen Spielern aufnimmt. Mimiru, eine enge Freundin von Tsukasa, unterstützt ihn dabei, während Bear, ein weiterer Spieler, weiterhin als Mentor und Beschützer fungiert. Subaru, die Anführerin der Crimson Knights, zeigt sich besorgt über die anhaltenden Probleme in "The World", insbesondere die mysteriösen Phänomene, die Spieler in Komas versetzen.

Ein neuer Charakter, Aura, ein mysteriöses Mädchen, das als zentrales Element des Spiels gilt, taucht auf und interagiert mit den Protagonisten. Ihre Rolle bleibt rätselhaft, aber ihre Anwesenheit deutet auf größere Zusammenhänge hin, die das Schicksal von "The World" beeinflussen könnten. Die OVA beleuchtet auch die Beziehung zwischen Tsukasa und Subaru, die von gegenseitiger Sorge und unausgesprochenen Gefühlen geprägt ist.

Die Handlung schreitet voran, als die Charaktere versuchen, die Geheimnisse von "The World" zu entschlüsseln, während sie gleichzeitig mit ihren persönlichen Konflikten und Ängsten konfrontiert werden. Die OVA endet mit einem offenen Ausgang, der die Zuschauer auf die kommenden Ereignisse in ".hack//Liminality" vorbereitet, während sie gleichzeitig die emotionalen und thematischen Fäden aus ".hack//Sign" weiterführt.