"Megaton-kyū Musashi" ist eine Anime-Serie, die in einer postapokalyptischen Welt spielt, in der die Menschheit von einer außerirdischen Bedrohung, den sogenannten "Dracters", fast vollständig ausgelöscht wurde. Die Überlebenden leben in geschützten Städten, die von riesigen Robotern, den "Musashi", verteidigt werden. Diese Roboter werden von ausgewählten Piloten gesteuert, die als letzte Hoffnung der Menschheit gelten.

Die Handlung konzentriert sich auf Yamato Ichidaiji, einen Jugendlichen, der in einer der geschützten Städte lebt. Yamato ist zunächst unwissend über die wahre Natur der Bedrohung und die Existenz der Musashi-Roboter. Als die Stadt jedoch angegriffen wird, wird er gezwungen, die Kontrolle über einen der Musashi zu übernehmen. Zusammen mit seinen Freunden Ryūshi Hijikata und Teru Asami bildet er ein Team, um gegen die Dracters zu kämpfen und die verbliebenen menschlichen Siedlungen zu schützen.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Dracters nicht nur eine physische Bedrohung darstellen, sondern auch über eine komplexe Agenda verfügen, die mit der Geschichte der Menschheit und der Erde verbunden ist. Die Piloten der Musashi müssen nicht nur ihre Fähigkeiten im Kampf verbessern, sondern auch die Geheimnisse der Vergangenheit aufdecken, um die wahre Natur des Konflikts zu verstehen.

Die Charaktere entwickeln sich im Verlauf der Serie weiter, wobei Yamato als Protagonist eine zentrale Rolle einnimmt. Seine anfängliche Unsicherheit und sein Zögern weichen einer wachsenden Entschlossenheit, die Menschheit zu retten. Ryūshi und Teru ergänzen das Team mit ihren eigenen Stärken und Schwächen, wodurch eine dynamische Gruppendynamik entsteht.

Die Serie kombiniert Action, Science-Fiction und Drama, wobei die Kämpfe zwischen den Musashi-Robotern und den Dracters im Mittelpunkt stehen. Gleichzeitig werden ethische Fragen und die Auswirkungen des Krieges auf die menschliche Psyche thematisiert. Die Handlung ist geprägt von Wendungen und Enthüllungen, die die Motivationen der Charaktere und die Hintergründe des Konflikts vertiefen.