"AFTERLOST" ist eine Anime-Serie, die in einer postapokalyptischen Welt spielt, in der die Menschheit nach einem mysteriösen Ereignis namens "Der Verlust" ums Überleben kämpft. Die Handlung dreht sich um die junge Protagonistin Yuki, die in einer zerstörten Stadt erwacht und sich an nichts aus ihrer Vergangenheit erinnern kann. Sie trifft auf eine Gruppe von Überlebenden, darunter den rätselhaften Shogo, der behauptet, sie zu kennen, und die Wissenschaftlerin Rina, die versucht, die Ursachen des Verlusts zu erforschen.

Yuki entdeckt, dass sie über besondere Fähigkeiten verfügt, die sie von anderen Überlebenden unterscheiden. Diese Fähigkeiten scheinen mit dem Verlust in Verbindung zu stehen, einem Ereignis, bei dem ein Großteil der Menschheit verschwunden ist und die verbleibenden Menschen von seltsamen Kreaturen, den sogenannten "Phantomen", bedroht werden. Die Phantome sind scheinbar unbesiegbar und greifen die Überlebenden an, wobei sie eine mysteriöse Energie freisetzen, die die Umwelt weiter zerstört.

Im Laufe der Serie versucht Yuki, ihre Erinnerungen zurückzugewinnen und die Wahrheit über den Verlust zu enthüllen. Dabei stößt sie auf eine Organisation namens "Nest", die behauptet, die letzten Überreste der menschlichen Zivilisation zu schützen. Allerdings stellt sich heraus, dass Nest eigene Pläne verfolgt und möglicherweise eine Schlüsselrolle bei dem Ereignis gespielt hat. Yuki und ihre Gefährten müssen sich nicht nur gegen die Phantome wehren, sondern auch gegen die Machenschaften von Nest, während sie versuchen, die Geheimnisse der neuen Welt zu lüften.

Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Serie weiter, wobei Yuki zunehmend ihre eigene Rolle in der postapokalyptischen Realität versteht. Shogo, der zunächst als rätselhafter Begleiter auftritt, enthüllt nach und nach seine eigenen Motive und Verbindungen zu Nest. Rina, die als Wissenschaftlerin an der Erforschung der Phantome arbeitet, stellt fest, dass ihre Arbeit möglicherweise mehr mit dem Verlust zu tun hat, als sie zunächst dachte.

Die Handlung von "AFTERLOST" ist geprägt von einer düsteren Atmosphäre und einer komplexen Verschachtelung von Geheimnissen, die nach und nach gelüftet werden. Die Serie kombiniert Elemente von Science-Fiction, Mystery und Action, während sie die Beziehungen zwischen den Charakteren und ihre individuellen Entwicklungen in den Vordergrund stellt. Die Frage, was der Verlust wirklich war und welche Rolle Yuki dabei spielt, bleibt bis zum Ende ein zentrales Thema, das die Handlung vorantreibt.