"Fairy gone" spielt in einer Welt, in der Feen, mystische Wesen, einst als Waffen in Kriegen eingesetzt wurden. Diese Feen wurden in die Körper von Soldaten implantiert, wodurch diese übermenschliche Kräfte erhielten. Nach dem Ende des Krieges wurden diese Soldaten, bekannt als "Fairy Soldiers", obsolet, und die Feen verschwanden aus der Öffentlichkeit. Die Handlung beginnt neun Jahre nach dem Krieg, in einer Zeit, in der die Gesellschaft versucht, sich von den Folgen des Konflikts zu erholen.

Die Protagonistin, Marlya Noel, ist eine ehemalige Fairy Soldier, die nun als Ermittlerin für die "Dorothea"-Organisation arbeitet. Diese Organisation hat die Aufgabe, ehemalige Fairy Soldiers zu überwachen und zu kontrollieren, um sicherzustellen, dass ihre Kräfte nicht missbraucht werden. Marlya wird in eine komplexe Verschwörung hineingezogen, als sie auf eine Gruppe von ehemaligen Soldaten stößt, die unter der Führung von Free Underbar stehen. Diese Gruppe, bekannt als "Verlaine", kämpft für die Rechte der Fairy Soldiers und gegen die Unterdrückung durch die Regierung.

Parallel dazu wird die Geschichte von Veronica Thorne erzählt, einer ehemaligen Adligen, die ebenfalls eine Fairy Soldier war. Veronica hat sich von ihrer Vergangenheit losgesagt und arbeitet nun als Söldnerin. Ihre Wege kreuzen sich mit denen von Marlya, als beide in die Machenschaften von Verlaine und die dunklen Geheimnisse der Regierung verwickelt werden. Die Handlung entfaltet sich in einer Welt voller politischer Intrigen, moralischer Ambivalenz und persönlicher Rache, wobei die Charaktere mit ihren eigenen inneren Konflikten und der Frage nach der wahren Natur der Feen konfrontiert werden.

Die Serie erkundet Themen wie Macht, Identität und die Folgen von Krieg, während die Charaktere versuchen, ihren Platz in einer sich verändernden Welt zu finden. Die Handlung ist geprägt von zahlreichen Wendungen, die die Beziehungen zwischen den Charakteren und ihre Loyalitäten auf die Probe stellen. "Fairy gone" bietet eine dichte Erzählung, die sowohl actionreiche Szenen als auch tiefgreifende emotionale Momente vereint.