"Dead Leaves" ist eine OVA, die in einer futuristischen, dystopischen Welt spielt. Die Handlung beginnt mit zwei Protagonisten, Retro und Pandy, die ohne Erinnerungen an ihre Vergangenheit in einer Wüste aufwachen. Beide tragen ungewöhnliche körperliche Merkmale: Retro hat einen Fernseher als Kopf, während Pandy eine auffällige Narbe auf der Stirn besitzt. Nachdem sie Kleidung und Waffen gestohlen haben, begehen sie eine Reihe von Verbrechen, darunter einen Banküberfall, und werden schließlich von den Behörden gefasst.

Die beiden werden in das Hochsicherheitsgefängnis Dead Leaves gebracht, eine riesige, von einer korrupten Regierung betriebene Anstalt, die sich auf dem Mond befindet. Im Gefängnis treffen sie auf eine bizarre Gruppe von Insassen, darunter den sadistischen Wärter Galactica und den mysteriösen Gefangenen Drill. Die Anstalt ist bekannt für ihre brutalen und absurden Strafmethoden, und die Gefangenen werden oft zu unmenschlichen Experimenten gezwungen.

Retro und Pandy schließen sich mit anderen Insassen zusammen, um gegen das System zu rebellieren. Dabei enthüllt sich nach und nach ihre wahre Identität: Sie sind Klone, die als Teil eines geheimen Regierungsprojekts geschaffen wurden. Ihre körperlichen Besonderheiten und ihre übermenschlichen Fähigkeiten sind das Ergebnis genetischer Manipulation. Im Verlauf der Geschichte kommt es zu einer Eskalation der Gewalt, als die Gefangenen einen Aufstand planen, um aus Dead Leaves zu entkommen.

Die Handlung ist geprägt von schnellen, chaotischen Szenen, die von Action, Humor und surrealen Elementen durchzogen sind. Die Charaktere sind exzentrisch und oft grotesk, was zur absurden Atmosphäre der Geschichte beiträgt. Die OVA endet mit einem dramatischen Finale, das die Schicksale der Protagonisten und die Natur des Gefängnissystems offenlegt, ohne jedoch alle Fragen zu beantworten.