"Mahō Shōjo Magical Destroyers" spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die japanische Regierung die Kultur der Otaku unterdrückt hat. Die Gesellschaft wird von einer autoritären Organisation namens "SSC" kontrolliert, die jegliche Form von Subkultur, einschließlich Anime, Manga und Videospiele, verbietet und verfolgt. In dieser Welt existieren jedoch noch Magical Girls, die als letzte Hoffnung gegen die Unterdrückung kämpfen.

Die Handlung dreht sich um Anarchy, einen jungen Rebellenführer, der sich der SSC widersetzt und die Magical Girls unterstützt. Anarchy trifft auf Blue, eine der letzten Magical Girls, die über die Kraft verfügt, die Unterdrückung zu bekämpfen. Zusammen mit weiteren Magical Girls wie Pink und Yellow bilden sie eine Widerstandsgruppe, um die SSC zu stürzen und die Freiheit der Otaku-Kultur wiederherzustellen.

Die Serie thematisiert den Kampf zwischen Individualität und Konformität, wobei die Magical Girls als Symbol für Kreativität und Freiheit stehen. Jede der Magical Girls verkörpert dabei unterschiedliche Aspekte der Otaku-Kultur, wie Cosplay, Gaming oder Anime-Fandom. Die Handlung ist geprägt von actionreichen Szenen, humorvollen Momenten und emotionalen Tiefpunkten, die die Entschlossenheit der Charaktere im Kampf gegen die Unterdrückung verdeutlichen.

Die Charaktere sind vielfältig und besitzen jeweils eigene Motivationen und Hintergründe. Anarchy fungiert als Bindeglied zwischen den Magical Girls und der Otaku-Gemeinschaft, während Blue als starke und entschlossene Anführerin agiert. Pink und Yellow ergänzen das Team mit ihren einzigartigen Fähigkeiten und Persönlichkeiten, die sowohl für Komik als auch für dramatische Entwicklungen sorgen.

Die Serie kombiniert Elemente des Magical-Girl-Genres mit dystopischen und rebellischen Themen, wodurch eine einzigartige Mischung aus Action, Humor und sozialer Kritik entsteht. Die Handlung entwickelt sich durch Konflikte mit der SSC und interne Spannungen innerhalb der Widerstandsgruppe, was zu einer dynamischen und fesselnden Erzählung führt.