"Hallelujah: Unmei no Sentaku" spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Gesellschaft von einer strengen Klassengesellschaft und einer allgegenwärtigen Überwachung geprägt ist. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Jugendlichen, die in einem abgeschotteten Stadtteil leben, der von einer mysteriösen Organisation kontrolliert wird. Diese Organisation, bekannt als "Das System", bestimmt das Schicksal der Bewohner durch eine Reihe von Tests und Prüfungen, die über ihren sozialen Status und ihre Zukunft entscheiden.

Die Protagonisten, darunter der junge und rebellische Kaito, die intelligente und strategisch denkende Aoi sowie der ruhige und geheimnisvolle Ren, werden in eine Reihe von gefährlichen Herausforderungen geworfen, die ihr Überleben und ihre Freiheit auf die Probe stellen. Kaito, der sich gegen die Unterdrückung durch "Das System" auflehnt, wird zum Anführer einer Gruppe von Gleichgesinnten, die versuchen, die Kontrolle über ihr eigenes Schicksal zurückzugewinnen. Aoi, die mit ihrer analytischen Denkweise oft die Pläne der Gruppe entwirft, und Ren, dessen Vergangenheit eng mit "Das System" verknüpft ist, spielen entscheidende Rollen im Kampf gegen die Unterdrücker.

Im Laufe der Serie enthüllt sich, dass "Das System" nicht nur eine Kontrollinstanz ist, sondern auch Experimente an den Bewohnern durchführt, um eine perfekte Gesellschaft zu schaffen. Die Jugendlichen müssen nicht nur gegen äußere Bedrohungen kämpfen, sondern auch mit ihren eigenen inneren Konflikten und moralischen Dilemmata umgehen. Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, psychologischen Spannungen und actionreichen Szenen, die die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen lassen.

Die Charaktere entwickeln sich im Verlauf der Serie weiter, wobei ihre Beziehungen zueinander und ihre individuellen Motivationen im Mittelpunkt stehen. Die Handlung wirft Fragen über Freiheit, Determinismus und die Natur der menschlichen Gesellschaft auf, während die Protagonisten versuchen, ihre eigene Zukunft zu gestalten und die Kontrolle über ihr Leben zurückzugewinnen.