"Phantasy Star Online 2 Comic" ist eine Anime-Adaption des gleichnamigen Online-Rollenspiels, die in einer futuristischen Welt angesiedelt ist. Die Handlung spielt auf dem Planeten Oracle, wo Menschen, Androiden und andere Spezies zusammenleben und gegen mysteriöse Kreaturen, bekannt als D-Falter, kämpfen. Diese Kreaturen bedrohen die Existenz der Zivilisation und werden von einer Organisation namens ARKS bekämpft, die aus hochqualifizierten Kämpfern besteht.

Die Geschichte konzentriert sich auf einen jungen Protagonisten, der sich ARKS anschließt, um die Bedrohung durch die D-Falter zu bekämpfen. Im Laufe der Serie entwickelt der Protagonist Fähigkeiten und bildet Allianzen mit anderen Mitgliedern von ARKS, darunter eine Vielzahl von Charakteren mit unterschiedlichen Hintergründen und Motivationen. Die Gruppe erkundet verschiedene Planeten und Dimensionen, um die Quelle der D-Falter zu finden und zu zerstören. Dabei stoßen sie auf zahlreiche Herausforderungen, darunter mächtige Feinde und moralische Dilemmata.

Ein zentrales Thema der Serie ist die Zusammenarbeit und das Vertrauen zwischen den Charakteren, die trotz ihrer Unterschiede gemeinsam gegen eine übermächtige Bedrohung kämpfen. Die Handlung wird durch episodische Abenteuer vorangetrieben, die oft in größere narrative Bögen eingebettet sind, die die Hintergründe der D-Falter und die Geheimnisse des Universums enthüllen. Die Serie verbindet Action, Science-Fiction-Elemente und Charakterentwicklung, um eine vielschichtige und fesselnde Geschichte zu erzählen.