"Dr. Stone" spielt in einer Welt, in der die gesamte Menschheit durch einen mysteriösen grünen Blitz zu Stein erstarrt. Nach 3.700 Jahren erwacht der hochintelligente Schüler Senku Ishigami und findet sich in einer postapokalyptischen Welt wieder, in der die Natur die Zivilisation überwuchert hat. Senku beschließt, die Wissenschaft zu nutzen, um die Menschheit zu retten und die Zivilisation wieder aufzubauen. Mit seinem engen Freund Taiju Oki, der ebenfalls erwacht, beginnt er, Werkzeuge, Medizin und Technologie aus den Grundlagen der Natur zu erschaffen.

Im Laufe der Serie trifft Senku auf weitere Überlebende, darunter Yuzuriha Ogawa, die sich Taiju anschließt, und Tsukasa Shishio, einen physisch überlegenen Krieger. Tsukasa hat jedoch eine andere Vision für die Zukunft: Er glaubt, dass nur die Jungen und Starken überleben sollten, und versucht, die Wiederbelebung der alten Welt zu verhindern. Dies führt zu einem Konflikt zwischen Senkus wissenschaftlichem Fortschritt und Tsukasas visionärer Gewaltherrschaft.

Senku gründet das "Königreich der Wissenschaft", um seine Ziele voranzutreiben, und rekrutiert weitere Verbündete, darunter den geschickten Handwerker Chrome und das Dorf Ishigami, dessen Bewohner in einer primitiven Gesellschaft leben. Gemeinsam arbeiten sie daran, fortschrittliche Technologien wie Strom, Glas und sogar Schießpulver herzustellen, um Tsukasas Bedrohung zu bekämpfen und die Menschheit zu retten.

Die Serie verbindet wissenschaftliche Konzepte und Experimente mit einer spannenden Handlung, die von strategischen Konflikten, Allianzen und der Suche nach Wissen geprägt ist. Charaktere wie Kohaku, ein mutiger Krieger aus dem Dorf Ishigami, und Gen Asagiri, ein listiger Mentalist, tragen zur Dynamik der Geschichte bei. "Dr. Stone" präsentiert eine einzigartige Mischung aus Abenteuer, Wissenschaft und menschlichem Überlebenswillen, die die Zuschauer in eine Welt voller Entdeckungen und Herausforderungen entführt.