"One Piece: Episode of Skypiea" ist ein TV-Special, das die Skypiea-Saga aus der Hauptserie "One Piece" neu erzählt und komprimiert. Die Handlung beginnt mit der Crew der Straw Hat Pirates, die auf der Suche nach dem legendären Goldenen Glocke nach Skypiea, einer mysteriösen Insel in den Wolken, reist. Die Crew besteht aus Monkey D. Luffy, dem Kapitän, und seinen Gefährten Zoro, Nami, Usopp, Sanji, Chopper, Robin und Franky. Sie erreichen Skypiea, nachdem sie den gefährlichen Knock-Up Stream überwunden haben, der sie in die Höhe schleudert.

In Skypiea angekommen, entdecken die Straw Hats eine Welt, die von Konflikten zwischen den Einheimischen, den Shandia, und den Bewohnern von Upper Yard, den Skypieanern, geprägt ist. Die Shandia kämpfen um die Rückeroberung ihres heiligen Landes, das vor Jahrhunderten von den Skypieanern besetzt wurde. Die Straw Hats geraten in die Mitte dieses Konflikts, als sie sich mit den Shandia verbünden und gegen den tyrannischen Gott Eneru kämpfen, der über Skypiea herrscht.

Eneru, ein mächtiger Logia-Nutzer mit der Fähigkeit, Blitze zu kontrollieren, plant, die gesamte Insel mit seinem Schiff, dem Ark Maxim, zu zerstören, um seine Vision einer neuen Welt zu verwirklichen. Die Straw Hats stellen sich ihm entgegen, während sie gleichzeitig versuchen, das Geheimnis des Goldenen Glocke zu lüften, das eine zentrale Rolle in der Geschichte der Shandia spielt. Luffy, der aufgrund seiner Gummikräfte immun gegen Enerus Blitze ist, wird zu seinem größten Gegner.

Die Handlung gipfelt in einem epischen Kampf zwischen Luffy und Eneru, bei dem Luffy seine Grenzen überschreitet, um seine Freunde und die Bewohner von Skypiea zu retten. Der Sieg der Straw Hats führt zur Befreiung Skypieas von Enerus Tyrannei und zur Wiederherstellung des Friedens zwischen den Shandia und den Skypieanern. Die Geschichte endet mit der Entdeckung des Goldenen Glocke, das als Symbol der Hoffnung und Einheit dient, und der Fortsetzung der Reise der Straw Hats in die Weiten der Grand Line.