"Babylon" ist eine Anime-Serie, die in der fiktiven Stadt Shiniki spielt, einem neu gegründeten Bezirk in der Nähe von Tokio. Die Handlung beginnt mit der Einführung von Zen Seizaki, einem Staatsanwalt, der in einen Fall von Datenmanipulation bei einer Pharmafirma verwickelt ist. Während der Ermittlungen stößt er auf mysteriöse Todesfälle, die mit einem experimentellen Medikament in Verbindung stehen. Die Spur führt ihn zu Ai Magase, einer rätselhaften Frau, die scheinbar übernatürliche Fähigkeiten besitzt und eine zentrale Rolle in den Ereignissen spielt.

Im weiteren Verlauf wird die Handlung komplexer, als die politische Landschaft der Stadt ins Spiel kommt. Shiniki soll als autonome Region etabliert werden, was zu heftigen Debatten über Selbstbestimmung und die Legitimität von Gesetzen führt. Ein Referendum über die Legalisierung von Suizid wird zum zentralen Konflikt, der die Gesellschaft spaltet. Magase nutzt diese Spannungen, um Chaos zu stiften, während Seizaki versucht, ihre Machenschaften aufzudecken und die Stadt vor dem Untergang zu bewahren.

Die Serie thematisiert moralische und ethische Dilemmata, insbesondere im Zusammenhang mit Macht, Korruption und der menschlichen Natur. Neben Seizaki und Magase spielen weitere Figuren wie der Journalist Hiasa Sekuro und der Politiker Kujiin Shinno wichtige Rollen, die die Handlung vorantreiben und die verschiedenen Perspektiven auf die Ereignisse verdeutlichen. Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, psychologischen Spannungen und philosophischen Fragen, die die Grenzen von Recht und Moral ausloten.