"A.I.C.O. -Incarnation-" ist eine Anime-Serie, die in einer futuristischen Welt spielt, in der eine biotechnologische Katastrophe, bekannt als der "Burst", eine Region Japans verwüstet hat. Der Burst wurde durch ein wissenschaftliches Experiment ausgelöst, bei dem eine mysteriöse Substanz namens "Materie" außer Kontrolle geriet. Diese Materie hat die Fähigkeit, lebende Organismen zu assimilieren und zu verändern, was zu gefährlichen Kreaturen, den sogenannten "Pseudowesen", führt. Die Regierung hat die betroffene Zone abgeriegelt, um eine weitere Ausbreitung zu verhindern.

Die Protagonistin der Serie ist Aiko Tachibana, ein 15-jähriges Mädchen, das nach einem Unfall zwei Jahre zuvor ihr Gedächtnis verloren hat. Sie lebt ein scheinbar normales Leben, bis sie von einem jungen Wissenschaftler namens Yuya Kanzaki kontaktiert wird. Yuya enthüllt, dass Aikos Körper ein Geheimnis birgt: Sie ist die "Inkarnation", ein künstlicher Mensch, der geschaffen wurde, um die Kontrolle über die Materie zu erlangen. Aikos wahres Bewusstsein befindet sich in einem anderen Körper, der in der Quarantänezone gefangen ist.

Yuya schlägt Aiko vor, sich einer Gruppe von Spezialisten anzuschließen, um in die Quarantänezone vorzudringen und ihren ursprünglichen Körper zu retten. Das Team besteht aus erfahrenen Kämpfern und Wissenschaftlern, darunter Haruka Seri, eine toughe Soldatin, und Isao Inaba, ein ruhiger und strategisch denkender Anführer. Während ihrer Mission erfährt Aiko mehr über die wahren Ursachen des Burst und die Rolle, die sie selbst dabei spielt. Sie entdeckt, dass ihre Schöpfung Teil eines größeren Plans war, der von mächtigen Organisationen vorangetrieben wurde.

Im Verlauf der Serie wird deutlich, dass die Materie nicht nur eine Bedrohung für die Menschheit darstellt, sondern auch das Potenzial hat, das Leben auf der Erde grundlegend zu verändern. Aiko und ihr Team müssen nicht nur gegen die Pseudowesen kämpfen, sondern auch gegen diejenigen, die die Macht der Materie für ihre eigenen Zwecke missbrauchen wollen. Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Geflecht aus wissenschaftlichen, ethischen und persönlichen Konflikten, während Aiko versucht, ihre Identität und ihre Bestimmung zu verstehen.

Die Serie kombiniert Action, Science-Fiction und Drama, wobei die Charaktere mit moralischen Dilemmata und den Konsequenzen menschlicher Hybris konfrontiert werden. Aikos Reise ist nicht nur eine physische, sondern auch eine emotionale und existenzielle, da sie sich mit Fragen der Identität, der Menschlichkeit und der Verantwortung auseinandersetzt.