Die OVA "Mushibugyō" spielt in der Edo-Zeit Japans und dreht sich um den jungen Samurai Jinbee Tsukishima, der sich dem Mushibugyō, einer speziellen Einheit zur Bekämpfung von riesigen Insekten, anschließt. Diese Insekten, bekannt als Mushi, bedrohen die Bevölkerung und bringen Chaos in die Stadt Edo. Jinbee, der ursprünglich aus einer Provinz stammt, tritt der Einheit bei, um seinen Vater zu ersetzen, der im Kampf gegen die Mushi gefallen ist. Trotz seiner Unerfahrenheit und Naivität zeigt Jinbee großen Mut und Entschlossenheit.

Die Handlung konzentriert sich auf Jinbees Entwicklung als Krieger und seine Integration in das Mushibugyō-Team, das aus verschiedenen Mitgliedern besteht, darunter die erfahrene Kämpferin Hibachi, der ruhige und strategisch denkende Mugai, und die junge, aber talentierte Kotori. Zusammen bekämpfen sie die Mushi, die nicht nur physisch gefährlich sind, sondern auch eine mysteriöse Verbindung zu einer größeren Bedrohung haben. Im Laufe der Geschichte werden Jinbees Fähigkeiten auf die Probe gestellt, und er muss lernen, mit seinen Teamkollegen zusammenzuarbeiten, um die wachsende Gefahr zu bewältigen.

Die OVA bietet eine Mischung aus Action, Drama und übernatürlichen Elementen, wobei die Charaktere durch ihre individuellen Hintergründe und Motivationen Tiefe erhalten. Jinbees unerschütterlicher Wille, seine Pflicht zu erfüllen und seine Mitmenschen zu schützen, steht im Mittelpunkt der Erzählung. Gleichzeitig werden die Spannungen innerhalb des Mushibugyō und die Geheimnisse rund um die Mushi allmählich enthüllt, was die Handlung vorantreibt und die Zuschauer in die Welt der Serie eintauchen lässt.