"Appleseed Alpha" ist ein CGI-animierter Science-Fiction-Film, der in einer postapokalyptischen Welt spielt. Die Handlung konzentriert sich auf Deunan Knute und Briareos, zwei ehemalige Soldaten, die als Söldner in den Ruinen einer zerstörten Stadt überleben. Die Stadt ist von gefährlichen Cyborgs und marodierenden Banditen bevölkert, und die beiden müssen ständig um ihr Überleben kämpfen.

Deunan und Briareos erhalten einen Auftrag von einem lokalen Warlord namens Two Horns, der sie mit einer wichtigen Mission betraut. Dabei geraten sie in einen Konflikt mit einer mysteriösen Organisation, die hinter einer fortschrittlichen Technologie namens "Appleseed" steckt. Diese Technologie hat das Potenzial, die Zukunft der Menschheit zu verändern, birgt aber auch enorme Risiken.

Während ihrer Mission treffen die Protagonisten auf Nyx, eine geheimnisvolle Frau, die scheinbar Verbindungen zu Appleseed hat. Zusammen versuchen sie, die Pläne der Organisation zu durchkreuzen und die Technologie vor dem Missbrauch durch korrupte Mächte zu schützen. Dabei enthüllt sich nach und nach die wahre Natur von Appleseed und seine Bedeutung für die Wiederherstellung der Zivilisation.

Die Charaktere sind geprägt von ihren Vergangenheiten und den Herausforderungen, die sie in der postapokalyptischen Welt bewältigen müssen. Deunan ist eine erfahrene Kämpferin mit starkem Willen, während Briareos, der teilweise zum Cyborg umgebaut wurde, sowohl physische als auch emotionale Narben trägt. Ihre Beziehung wird durch die gemeinsamen Erlebnisse und die Gefahren, denen sie ausgesetzt sind, weiter vertieft.

Der Film verbindet actionreiche Szenen mit einer düsteren Atmosphäre und erkundet Themen wie Technologie, Menschlichkeit und die moralischen Dilemmata in einer zerstörten Welt. Die Handlung bleibt eng an den mythologischen und philosophischen Wurzeln der "Appleseed"-Reihe, während sie gleichzeitig eine eigenständige Geschichte erzählt.