"Nukko" ist eine Anime-Serie, die in einer postapokalyptischen Welt spielt, in der die Menschheit nach einer globalen Katastrophe ums Überleben kämpft. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Überlebenden, die in einer zerstörten Stadt Schutz suchen und dabei auf mysteriöse Kreaturen stoßen, die als "Schattenwesen" bekannt sind. Diese Wesen sind das Ergebnis eines gescheiterten wissenschaftlichen Experiments, das außer Kontrolle geriet und die Welt in Chaos stürzte.

Die Protagonistin der Serie ist Nukko, ein junges Mädchen, das über besondere Fähigkeiten verfügt, die sie von den Schattenwesen unterscheiden. Nukko kann mit diesen Kreaturen kommunizieren und besitzt die Fähigkeit, ihre Energie zu kontrollieren. Zusammen mit einer Gruppe von Überlebenden, darunter der erfahrene Kämpfer Ren, die Wissenschaftlerin Aya und der junge Techniker Hiro, versucht Nukko, die Ursprünge der Katastrophe zu erforschen und eine Möglichkeit zu finden, die Welt wiederherzustellen.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass Nukkos Fähigkeiten eng mit dem Experiment verbunden sind, das die Schattenwesen erschuf. Die Gruppe stößt auf verschiedene Fraktionen, die unterschiedliche Ziele verfolgen: einige wollen die Schattenwesen ausrotten, während andere versuchen, ihre Macht zu nutzen, um die Kontrolle über die verbliebenen Ressourcen zu erlangen. Dabei müssen Nukko und ihre Gefährten nicht nur gegen äußere Bedrohungen kämpfen, sondern auch mit internen Konflikten und moralischen Dilemmata umgehen.

Die Serie erforscht Themen wie Verantwortung, Vertrauen und die Konsequenzen menschlicher Hybris. Die Beziehungen zwischen den Charakteren entwickeln sich im Laufe der Handlung, wobei Nukkos Rolle als Bindeglied zwischen den Welten der Menschen und der Schattenwesen im Mittelpunkt steht. Die Handlung ist geprägt von unerwarteten Wendungen, die die Motivationen der Charaktere und die Zukunft der Welt in Frage stellen.