".hack//Legend of the Twilight" spielt in der virtuellen MMORPG-Welt "The World", einem weit verbreiteten Online-Spiel, das von Millionen von Spielern genutzt wird. Die Serie konzentriert sich auf die Geschwister Shugo und Rena, die durch einen Gewinn im Lotteriesystem des Spiels die seltenen Charaktere "Kite" und "BlackRose" erhalten. Diese Avatare sind legendär, da sie mit den Helden aus früheren Ereignissen in "The World" verbunden sind, die das Spiel vor einer großen Krise gerettet haben.

Shugo, ein eher unerfahrener Spieler, übernimmt die Rolle von Kite, während Rena, seine ältere Schwester, die Rolle von BlackRose spielt. Die beiden beginnen ihre Abenteuer in "The World", stoßen jedoch bald auf mysteriöse Phänomene, darunter seltsame Monster und NPCs, die sich ungewöhnlich verhalten. Im Laufe der Serie entdecken sie, dass ihre Avatare mit einem alten Artefakt namens "Twilight Bracelet" ausgestattet sind, das ihnen besondere Fähigkeiten verleiht, aber auch Gefahren birgt.

Die Geschwister treffen auf andere Spieler, darunter Mireille, Hotaru und Ouka, die ihnen helfen, die Geheimnisse von "The World" zu entschlüsseln. Dabei stoßen sie auf die Figur Aura, ein mysteriöses Wesen, das im Zentrum der Ereignisse steht und eine Schlüsselrolle in der Geschichte des Spiels spielt. Die Handlung entwickelt sich um die Suche nach der Wahrheit hinter den seltsamen Vorkommnissen und die Frage, ob diese Ereignisse Auswirkungen auf die reale Welt haben könnten.

Die Serie verbindet humorvolle Momente mit ernsteren Themen, wie der Beziehung zwischen virtueller und realer Identität sowie den Gefahren, die in der digitalen Welt lauern können. Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Serie weiter, wobei Shugo und Rena lernen, Verantwortung zu übernehmen und ihre Fähigkeiten zu nutzen, um anderen Spielern zu helfen. Die Handlung bleibt dabei eng mit den mythologischen und technologischen Aspekten von "The World" verbunden, was eine kontinuierliche Spannung und Neugier auf die Auflösung der Geheimnisse erzeugt.