"Detective Conan Magic File 2" ist eine OVA, die sich auf die Charaktere und die Dynamik der Serie "Detective Conan" konzentriert, ohne eine klassische Kriminalhandlung zu verfolgen. Die Handlung spielt in einer fiktiven Themenwelt namens "Wonderland", die von Kaito Kid erschaffen wurde. Die Hauptfiguren, darunter Conan Edogawa, Ran Mouri und Sonoko Suzuki, werden in diese Welt hineingezogen, die voller Rätsel und Illusionen ist. Kaito Kid, der Meisterdieb, fungiert als Gastgeber und führt die Gruppe durch verschiedene Attraktionen, die an Märchen und Fantasiewelten angelehnt sind.

Im Mittelpunkt steht die Interaktion zwischen den Charakteren, insbesondere die Beziehung zwischen Conan und Ran, die durch die surrealen Erlebnisse in Wonderland eine neue Dimension erhält. Kaito Kid nutzt die Gelegenheit, um seine Fähigkeiten als Illusionist und Trickkünstler zu demonstrieren, während Conan versucht, die Rätsel zu lösen und die Absichten des Meisterdiebs zu durchschauen. Die OVA bietet eine Mischung aus Humor, Spannung und emotionalen Momenten, wobei die Charakterentwicklung im Vordergrund steht.

Die Handlung ist episodisch aufgebaut, mit verschiedenen Stationen in Wonderland, die jeweils eigene Herausforderungen und Rätsel bieten. Dabei werden bekannte Elemente aus der Serie aufgegriffen, wie die Rivalität zwischen Conan und Kaito Kid sowie die subtilen Hinweise auf die Gefühle zwischen Ran und Shinichi Kudo, die durch Conans Perspektive dargestellt werden. Die OVA dient weniger der Fortführung der Hauptgeschichte, sondern bietet stattdessen eine unterhaltsame und charakterzentrierte Ergänzung zum "Detective Conan"-Universum.