"Mardock Scramble: The First Compression" ist der erste Teil einer Trilogie, die auf dem gleichnamigen Roman von Tow Ubukata basiert. Die Handlung spielt in einer dystopischen Zukunft in der fiktiven Stadt Mardock City, einem Ort, der von Kriminalität und Korruption geprägt ist. Die Protagonistin, Rune Balot, ist eine junge Frau, die als Prostituierte arbeitet und ein traumatisches Leben führt. Sie wird von einem zwielichtigen Glücksspieler namens Shell Septinos gerettet, der sie zunächst als Beschützerfigur erscheinen lässt. Doch bald offenbart sich seine wahre Natur, als er versucht, sie zu töten, um ihre Identität zu löschen und seine eigenen Verbrechen zu vertuschen.

Nach einem brutalen Angriff, bei dem Rune schwer verletzt wird, wird sie von der Mardock City Police mithilfe eines experimentellen Programms namens "Scramble 09" wiederbelebt. Dieses Programm verleiht ihr übermenschliche Fähigkeiten, darunter die Kontrolle über elektronische Systeme und die Fähigkeit, sich in die digitale Welt einzuklinken. Gleichzeitig wird sie mit einem intelligenten, mäuseähnlichen Begleiter namens Oeufcoque ausgestattet, der ihr bei der Bewältigung ihrer neuen Kräfte zur Seite steht.

Rune wird in ein Programm zur Zeugenschutzintegration aufgenommen, das von der Ermittlerin Dr. Easter geleitet wird. Ziel ist es, Shell zur Rechenschaft zu ziehen, der nicht nur für ihren Mordversuch verantwortlich ist, sondern auch in illegale Geschäfte und Menschenhandel verwickelt ist. Rune muss sich mit ihrer Vergangenheit auseinandersetzen, während sie gleichzeitig lernt, ihre neuen Fähigkeiten zu nutzen, um Shells Machenschaften aufzudecken. Dabei wird sie mit moralischen Dilemmata konfrontiert, da sie sich fragt, ob sie noch menschlich ist oder ob ihre Transformation sie zu etwas anderem gemacht hat.

Der Film kombiniert Elemente von Science-Fiction, Krimi und psychologischem Drama, wobei die Handlung von Runes innerem Kampf um Identität und Rache geprägt ist. Die Beziehung zwischen Rune und Oeufcoque entwickelt sich im Laufe der Geschichte, wobei Oeufcoque nicht nur als Werkzeug, sondern auch als moralischer Kompass fungiert. Die Handlung legt den Grundstein für die weiteren Teile der Trilogie, in denen Runes Konflikt mit Shell und ihre Suche nach Gerechtigkeit weiter vertieft werden.