Die OVA "Salamander" spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit von einer außerirdischen Bedrohung, den sogenannten "Bacteria", heimgesucht wird. Diese feindlichen Wesen haben die Erde überrannt und die meisten menschlichen Zivilisationen zerstört. Die Überlebenden kämpfen um ihr Dasein, während sie versuchen, die Bacteria zu besiegen. Die Handlung konzentriert sich auf die Besatzung des Raumschiffs "Salamander", das mit fortschrittlicher Technologie ausgestattet ist und als letzte Hoffnung der Menschheit gilt.

Die Protagonisten sind eine Gruppe von Soldaten und Wissenschaftlern, die an Bord des Schiffes gegen die Bacteria kämpfen. Der Hauptcharakter, ein erfahrener Pilot, führt die Crew durch gefährliche Missionen, um die Bacteria zu bekämpfen und gleichzeitig nach einer Möglichkeit zu suchen, die Menschheit zu retten. Die Beziehungen zwischen den Crewmitgliedern sind von Spannungen und Konflikten geprägt, da sie unter dem ständigen Druck des Krieges stehen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Schlachten und Entdeckungen, bei denen die Crew auf immer mächtigere Feinde trifft. Dabei werden auch die Hintergründe der Bacteria und ihre Verbindung zur Erde nach und nach enthüllt. Die OVA kombiniert Action, Science-Fiction und dramatische Elemente, um eine düstere und spannende Geschichte zu erzählen, die von Überlebenskampf und Hoffnung geprägt ist.