Die OVA "F3" erzählt die Geschichte von drei jungen Männern, die in einer dystopischen Zukunft leben, in der die Gesellschaft von einer strengen Hierarchie und technologischer Überwachung geprägt ist. Die Protagonisten, Ryo, Shin und Takuya, sind Mitglieder einer Untergrundbewegung, die gegen das korrupte Regime kämpft. Ryo, der Anführer der Gruppe, ist ein charismatischer und strategisch denkender Rebell, der von Rache angetrieben wird, nachdem seine Familie von den Machthabern getötet wurde. Shin, ein ehemaliger Soldat, bringt militärische Erfahrung und technisches Know-how in die Gruppe ein, während Takuya, der jüngste der drei, als Hacker fungiert und für die digitale Infiltration verantwortlich ist.

Die Handlung beginnt mit einem riskanten Einsatz, bei dem die Gruppe versucht, geheime Daten zu stehlen, die die Machenschaften der Regierung aufdecken könnten. Dabei geraten sie in einen Hinterhalt und müssen fliehen, was ihre Entschlossenheit, das System zu stürzen, weiter stärkt. Im Laufe der Geschichte werden die Hintergründe der Charaktere näher beleuchtet, insbesondere ihre Motivationen und die persönlichen Verluste, die sie erlitten haben. Die OVA zeigt auch die moralischen Dilemmata, mit denen sie konfrontiert sind, da ihre Aktionen oft unschuldige Zivilisten gefährden.

Ein zentrales Thema ist der Konflikt zwischen individueller Freiheit und kollektiver Sicherheit, der durch die antagonistische Figur des Regierungschefs, eines kaltherzigen Technokraten, verkörpert wird. Dieser nutzt fortschrittliche Technologie, um die Bevölkerung zu kontrollieren und Widerstand im Keim zu ersticken. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Frage aufwirft, ob die Bemühungen der Protagonisten letztendlich erfolgreich sein werden oder ob sie Teil eines größeren, unausweichlichen Systems sind.