"E.Y.E.S. of Mars" ist ein Anime-Film, der in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Menschheit durch technologische Fortschritte und genetische Manipulation tiefgreifend verändert wurde. Die Handlung dreht sich um die Stadt Mars, eine hochtechnisierte Metropole, die von einer mächtigen Organisation namens "E.Y.E.S." kontrolliert wird. Diese Organisation überwacht und reguliert das Leben der Bürger durch fortschrittliche Überwachungssysteme und genetische Experimente. Die Gesellschaft ist in Klassen unterteilt, wobei die Elite Zugang zu verbesserten Fähigkeiten und längerer Lebensdauer hat, während die unteren Schichten unterdrückt werden.

Der Protagonist ist ein junger Mann namens Takeru, der in den unteren Schichten der Gesellschaft aufgewachsen ist. Durch einen Zufall entdeckt er, dass er über einzigartige genetische Fähigkeiten verfügt, die ihn zu einer Bedrohung für das System machen. Takeru wird in eine Verschwörung hineingezogen, die die wahre Natur von E.Y.E.S. und deren Pläne für die Menschheit enthüllt. Zusammen mit einer Gruppe von Rebellen, darunter die mysteriöse Kämpferin Aya und der ehemalige Wissenschaftler Dr. Kuroki, versucht er, die Kontrolle der Organisation zu brechen und die Wahrheit ans Licht zu bringen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Konflikten, in denen Takeru und seine Verbündeten gegen die übermächtigen Kräfte von E.Y.E.S. kämpfen. Dabei werden Themen wie Freiheit, Identität und die ethischen Grenzen der Wissenschaft untersucht. Der Film endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Zuschauer über die Zukunft der Menschheit und die Rolle der Technologie in ihrem Schicksal nachdenken lässt.