"Marine a Go Go" ist eine OVA, die in einer futuristischen Unterwasserwelt spielt, in der die Menschheit gezwungen ist, aufgrund der Zerstörung der Erdoberfläche in unterirdischen Städten zu leben. Die Handlung dreht sich um Marine, eine junge und abenteuerlustige Protagonistin, die in einer dieser Städte lebt. Sie träumt davon, die verbotene Oberfläche zu erkunden, obwohl dies von der Regierung streng untersagt ist. Marine wird von einer mysteriösen Gruppe kontaktiert, die behauptet, Zugang zur Oberfläche zu haben. Diese Gruppe, bekannt als "Die Rebellen", bietet ihr die Chance, ihren Traum zu verwirklichen, doch im Gegenzug muss sie sich an einem gefährlichen Plan beteiligen, der die Zukunft der Menschheit verändern könnte.

Marine schließt sich den Rebellen an und begibt sich auf eine Reise voller Gefahren und Entdeckungen. Dabei trifft sie auf verschiedene Charaktere, darunter den rätselhaften Anführer der Gruppe, Kai, und die technisch begabte Yuna. Gemeinsam müssen sie sich nicht nur den Bedrohungen der Unterwasserwelt stellen, sondern auch den Geheimnissen der Vergangenheit auf die Spur kommen, die erklären, warum die Oberfläche zerstört wurde und wer dafür verantwortlich ist.

Die OVA kombiniert Elemente von Science-Fiction, Abenteuer und Drama, wobei die Charakterentwicklung und die Beziehungen zwischen den Figuren im Mittelpunkt stehen. Marine wächst im Laufe der Geschichte von einer naiven Träumerin zu einer entschlossenen Kämpferin heran, die bereit ist, alles für die Wahrheit und die Zukunft ihrer Welt zu riskieren. Die Handlung ist geprägt von unerwarteten Wendungen, moralischen Dilemmata und der Frage, ob die Menschheit bereit ist, aus ihren Fehlern zu lernen.