"Rebirth Moon Divergence" (OVA) spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit durch eine mysteriöse Katastrophe an den Rand des Aussterbens gebracht wurde. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Überlebenden, die in einer unterirdischen Stadt namens Lunaria leben. Diese Stadt wird von einer strengen Hierarchie regiert, die von einer mysteriösen Organisation namens "Eclipse" kontrolliert wird. Die Bewohner von Lunaria sind gezwungen, unter strengen Regeln zu leben, während die Oberfläche des Planeten als unbewohnbar gilt.

Die Protagonistin, Aria, ist eine junge Frau, die in Lunaria aufgewachsen ist und als Technikerin arbeitet. Sie hegt jedoch Zweifel an der offiziellen Version der Ereignisse, die zur Katastrophe führten, und beginnt, heimlich nach Antworten zu suchen. Ihre Nachforschungen führen sie zu einem alten Labor, in dem sie auf eine geheimnisvolle Maschine stößt, die als "Moon Divergence Engine" bekannt ist. Diese Maschine scheint die Schlüssel zur Vergangenheit und möglicherweise zur Rettung der Menschheit zu enthalten.

Aria wird von Kael, einem ehemaligen Soldaten, der ebenfalls an der Wahrheit interessiert ist, begleitet. Zusammen entdecken sie, dass die Katastrophe nicht natürlich war, sondern das Ergebnis eines gescheiterten Experiments, das von Eclipse durchgeführt wurde. Die Organisation versucht, die Maschine zu kontrollieren, um ihre Macht zu festigen und die verbleibende Bevölkerung zu unterdrücken.

Im Laufe der Handlung wird deutlich, dass die Moon Divergence Engine die Fähigkeit besitzt, die Realität zu verändern, was sowohl eine Chance als auch eine Bedrohung darstellt. Aria und Kael müssen sich gegen Eclipse und deren Anhänger behaupten, während sie gleichzeitig versuchen, die Maschine zu verstehen und ihre Macht für das Wohl der Menschheit einzusetzen.

Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Spekulationen über die Zukunft der Charaktere und die mögliche Rettung der Menschheit lässt. Die Handlung kombiniert Elemente von Science-Fiction, Mystery und Action, wobei die Charakterentwicklung und die moralischen Dilemmata im Vordergrund stehen.