Die OVA "Milkyway" erzählt eine Geschichte, die in einer futuristischen Welt angesiedelt ist, in der die Menschheit mit außerirdischen Lebensformen interagiert. Die Handlung dreht sich um eine junge Frau namens Milky, die als Teil einer speziellen Einheit namens "Galactic Patrol" arbeitet. Diese Einheit ist dafür verantwortlich, die Sicherheit in den Grenzregionen des Weltraums zu gewährleisten, wo Konflikte zwischen Menschen und Außerirdischen häufig auftreten.

Milky wird mit einer Mission betraut, die sie in eine abgelegene Region des Universums führt, in der eine mysteriöse Energiequelle entdeckt wurde. Diese Energiequelle könnte sowohl eine Bedrohung als auch eine Chance für die Menschheit darstellen. Während ihrer Reise trifft Milky auf verschiedene Charaktere, darunter einen mysteriösen Außerirdischen namens Vega, der sich als Verbündeter erweist, aber auch eigene Absichten zu haben scheint. Zusammen müssen sie sich gegen eine mächtige Organisation namens "Dark Nebula" stellen, die die Energiequelle für ihre eigenen Zwecke nutzen will.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus Action, politischen Intrigen und persönlichen Konflikten. Milky muss nicht nur ihre Fähigkeiten als Kämpferin unter Beweis stellen, sondern auch mit ihren eigenen Zweifeln und Ängsten umgehen, während sie versucht, die wahren Absichten ihrer Verbündeten und Feinde zu verstehen. Die Beziehung zwischen Milky und Vega wird zunehmend komplex, da ihre Loyalitäten und Ziele oft im Widerspruch zueinander stehen.

Die OVA behandelt Themen wie Vertrauen, Verrat und die moralischen Dilemmata, die mit der Erforschung und Nutzung unbekannter Technologien einhergehen. Die Charaktere sind vielschichtig, und ihre Entscheidungen haben oft unvorhersehbare Konsequenzen, was die Handlung spannend und unvorhersehbar macht. Die Geschichte endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Zuschauer über die Zukunft der Charaktere und des Universums, in dem sie leben, nachdenken lässt.