"Magical Twilight" (OVA) erzählt die Geschichte von Yui Aizawa, einer scheinbar gewöhnlichen Schülerin, die eines Tages in eine mysteriöse Parallelwelt gezogen wird. Diese Welt, bekannt als "Luminaris", ist von Magie durchdrungen und wird von mächtigen Wesen bewohnt, die als "Astralwächter" bezeichnet werden. Yui erfährt, dass sie die Auserwählte ist, die in der Lage ist, den "Twilight-Stein" zu aktivieren, ein Artefakt, das die Balance zwischen Luminaris und der menschlichen Welt aufrechterhält. Ohne den Stein droht Luminaris zu kollabieren, was katastrophale Auswirkungen auf beide Welten hätte.

Auf ihrer Reise trifft Yui auf zwei Schlüsselcharaktere: Kaito Renji, einen erfahrenen Astralwächter, der sie beschützt und anleitet, und Rina Sora, eine mysteriöse Magierin, die ihre eigenen Motive zu haben scheint. Zusammen kämpfen sie gegen die "Dunklen Schatten", eine Gruppe von Kreaturen, die den Twilight-Stein für ihre eigenen finsteren Ziele nutzen wollen. Yui muss nicht nur ihre eigenen magischen Fähigkeiten entdecken und stärken, sondern auch die Geheimnisse ihrer Vergangenheit und ihre Verbindung zu Luminaris aufdecken.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Konflikten und Enthüllungen, die Yuis Entschlossenheit und ihre Beziehungen zu Kaito und Rina auf die Probe stellen. Der Höhepunkt der Geschichte führt zu einem finalen Kampf, in dem Yui ihre wahre Stärke und ihre Rolle als Beschützerin beider Welten unter Beweis stellen muss. Die OVA endet mit einem offenen, aber hoffnungsvollen Ausblick auf die Zukunft von Luminaris und Yuis weiterer Entwicklung.