"Bleach Movie 3: Fade to Black" spielt in der Welt der Seelenjäger (Shinigami) und konzentriert sich auf die Auswirkungen eines mysteriösen Vorfalls in der Seireitei, dem Hauptquartier der Seelenjäger. Die Handlung beginnt, als ein unbekanntes Wesen in die Seireitei eindringt und Chaos verursacht. Dieses Wesen greift Rukia Kuchiki an, eine der Hauptfiguren der Serie, und löscht ihre Erinnerungen aus. Gleichzeitig verschwindet sie spurlos, und alle Bewohner der Seireitei, einschließlich ihrer engsten Freunde und Verbündeten, können sich nicht mehr an sie erinnern.

Der Protagonist, Ichigo Kurosaki, ist der Einzige, der sich noch an Rukia erinnert. Als er versucht, herauszufinden, was geschehen ist, wird er von den Seelenjägern als Eindringling angesehen und angegriffen. Während er sich durch die Seireitei kämpft, trifft er auf Renji Abarai und Byakuya Kuchiki, die ebenfalls keine Erinnerung an Rukia haben. Trotz ihrer Feindseligkeit gelingt es Ichigo, sie davon zu überzeugen, dass etwas nicht stimmt, und sie schließen sich ihm an, um die Wahrheit aufzudecken.

Im Laufe der Geschichte wird enthüllt, dass das mysteriöse Wesen, das für das Chaos verantwortlich ist, ein ehemaliger Bewohner der Seireitei namens Senna ist. Senna wurde durch ein Experiment der Seelenjäger geschaffen und besitzt die Fähigkeit, Erinnerungen zu manipulieren. Ihre Handlungen sind von Verzweiflung und Einsamkeit getrieben, da sie versucht, ihre eigene Existenz zu sichern. Als Ichigo und seine Verbündeten Senna schließlich finden, kommt es zu einem emotionalen Konflikt, bei dem sie versuchen, Rukias Erinnerungen wiederherzustellen und Senna zu retten.

Der Film kombiniert Action, emotionale Momente und die charakteristischen übernatürlichen Elemente der "Bleach"-Serie. Die Handlung vertieft die Beziehungen zwischen den Charakteren, insbesondere die Verbindung zwischen Ichigo und Rukia, und bietet gleichzeitig eine in sich geschlossene Geschichte, die sowohl für Fans der Serie als auch für neue Zuschauer zugänglich ist.