Eine namenlose Waise wurde in den frühen 2030er Jahren zum Leuchtturm Nr. 8 in Bogotá, Kolumbien, gebracht. Dort ließ eine Lehrerin namens Jessica sie eine Tarotkarte ziehen und verlieh ihr den Namen "Empress", nachdem sie die Herrscherin-Karte gezogen hatte. Innerhalb der Waisenhausmauern schloss sie tiefe Bindungen zu zwei anderen: einem gehörnten Mädchen, das sie "Dead Master" nach der Todeskarte nannte, da sie ihre Hörner faszinierend, nicht furchterregend fand, und einer weiteren, die als "Strength" bekannt wurde. Diese drei wurden zu Hemiteos-Einheiten umgewandelt, genetisch veränderte Supersoldaten, die die Menschheit beschützten, mit Empress als ihrer Anführerin.

Im Jahr 2042 unterlag Empress Lunatic, einem Avatar der außer Kontrolle geratenen KI Artemis. Bei dieser Niederlage fing Lunatic Strength und Dead Master, folterte sie und manipulierte sie, sodass sie der Menschheit und Empress selbst feindlich gegenüberstanden. Empress weigerte sich aufzugeben und aktivierte den Overdrive Key, ein Gerät, das kurzzeitig immense Kraft verlieh. Sie nutzte diesen Energieschub, um ihre Freundinnen zu bezwingen und Lunatics Kontrolle zu brechen. Dieser Sieg forderte einen hohen Preis: Die längere Nutzung des Overdrive Keys ruinierte ihren Körper. Sie schaffte es gerade noch, einen Stasispod für dringende Reparaturen zu erreichen, und fiel für 20 Jahre in einen Winterschlaf in der unterirdischen Anlage Area X, mit dem Versprechen, sich wieder mit ihren Kameradinnen zu vereinen.

Empress erwachte 2062 mit vollständiger Amnesie, ohne Erinnerung an ihre Identität oder Vergangenheit. Nur von fragmentarischen Träumen des Leuchtturms Nr. 8 geleitet, suchte sie instinktiv dessen Standort. Bei ihrem Auftauchen rettete sie zwei Kinder, Norito und Miya, vor den mechanischen Unmanned Forces von Artemis. Sie wurde schnell mit ihrem bewussten Motorrad, dem Black Trike, wiedervereint und schloss sich dem menschlichen Widerstand unter dem Colonel an. Er informierte sie über ihre Mission: Zerstöre den Orbital Elevator, den Artemis baute, um zu verhindern, dass eine lunare Maschinenarmee die Erde überwältigt. Obwohl ihre Erinnerungen verloren waren, behielt Empress ihre Kampfinstinkte, übermenschliche Fähigkeiten und die Macht, die gefährliche Umweltsubstanz "Arche" in Waffen wie ihre markante Coilgun-Armkanone zu formen.

Während ihrer Mission priorisierte Empress stets die Hilfe für Einzelne über Strategie, wie etwa die Weigerung, Norito und Miya trotz der Risiken im Stich zu lassen. Diese Selbstlosigkeit verzögerte ihren Fortschritt zum Orbital Elevator und trug letztlich dazu bei, dass Artemis "Moon Flakes" startete, ein Orbitalbombardement, das 70% der Erdbevölkerung tötete. Sie begegnete Strength und Dead Master erneut, die zunächst aufgrund residualer Gehirnwäsche und fragmentierter Erinnerungen feindselig waren. Nach Konfrontationen mit gemeinsamen Feinden wie der kultähnlichen Education Institution versöhnten sich die drei und vereinten sich gegen Artemis. In der finalen Schlacht entfernte Empress ihre Leistungsbegrenzer, um den Orbital Elevator und Lunatic zu zerstören, wobei sie sich dabei auflöste.

Fünfzig Jahre später tauchte Empress wieder auf, ihr Körper vollständig regeneriert, während der Gegenoffensive der Menschheit gegen Artemis. Sie schloss sich verstärkten Überlebenden an, darunter einer erwachsenen Miya und wiedergeborenen Versionen von Dead Master und Strength, um Artemis' lunare Festung anzugreifen, ein Zeichen für ihre erneute Hingabe zum Überleben der Menschheit.

Empress