Jonathan ist ein Android-Butler, der von Rex Owens biologischen Eltern, Dr. Ancient und Dr. Cretacia, vor 2126 erschaffen wurde. Ursprünglich beauftragt, Rex zu beschützen, begleitete er die Familie auf einer Zeitreisemission in die Kreidezeit an Bord des Backlander-Zeitschiffs. Während eines Konflikts im Zeitwirbel warf Dr. Z Rex und seine Eltern hinaus. Jonathan griff ein, um den Säugling zu schützen, was dazu führte, dass er selbst, Rex und das Zeitschiff über verschiedene Zeitperioden verstreut wurden. Jonathan gelangte mit umgedrehtem Kopf in die Vergangenheit, was zu Gedächtnisverlust und Funktionsstörungen führte.

Während der ersten Staffel trat Jonathan in verschiedenen amnesischen Rollen auf: als Flugzeugpilot, als Bali-Reiseführer, als Maler, als Ninja-Rennorganisator namens "Johnny Cook" und als Moskauer Zugführer. Seth lokalisierte ihn im Zug, um Daten aus seinem Gedächtnis zu extrahieren. Bei dieser Begegnung schützte Jonathan Max, Rex und Zoe vor einem Vulkanangriff, wobei sein robotisches Äußeres durch Schäden freigelegt wurde. Nach Reparaturen im D-Lab korrigierte Chomp versehentlich seine Kopfposition, was die Gedächtniswiederherstellung einleitete. Der Anblick von Rod und Laura löste seine Erinnerung an Seths Datendiebstahl aus.

Nachdem er seine Erinnerungen vollständig zurückerlangt hatte, erklärte Jonathan den Ursprung der Alpha-Gang: Forscher aus dem Jahr 2126, die mit Dinosaurierkarten zurückreisten, um die Dinosaurier vor dem Aussterben zu retten. Er schilderte, wie Dr. Z und Seth Rex' Eltern verrieten, was zu ihrer zeitlichen Trennung führte. Jonathan infiltrierte Zeta Point, um gestohlene Daten zurückzuholen, besiegte Spiny und unterstützte das D-Team und die Alpha-Gang gegen Seth. Während der Schlacht gegen den Schwarzen T. rex übergab er entscheidende Geheim-Dinosaurierkarten, fing einen Angriff ab, um Rex zu schützen, und brach dann zusammen. Rex' Eltern reparierten ihn später, und er verließ am Ende der Staffel im Backlander.

In der zweiten Staffel steuerte Jonathan den Backlander durch mehrere Epochen – die Kreidezeit, das antike Rom, die Karibik – auf der Jagd nach den Spectral Space Pirates und Cosmos Stones. Nach fehlerhaften Reparaturen durch Dr. Z konnte das Zeitschiff keine Ziele voreinstellen, was zu unkontrollierten Sprüngen führte. Jonathan reparierte es Mitte der Staffel vollständig. Während des Finales lähmte ihn ein Gel-Jark, was zum Absturz des Schiffs führte. Nach seiner Reparatur steuerte er den Backlander gegen den Dunklen Pterosaurier, bis Seth das Kommando übernahm. Anschließend flog Jonathan das Schiff der Space Pirates, um die Ancients, die Alpha-Gang, Seth und die Dinosaurier nach 2126 zurückzubringen.

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