Yusuke Ninomiya, bekannt als Yu, überlebte als Säugling einen Flugzeugabsturz, bei dem seine Eltern ums Leben kamen, er jedoch gelähmt wurde und dauerhaft auf einen Rollstuhl angewiesen war. In einem Tokioter Krankenhaus aufgewachsen, hörte er Geschichten über Magie und Weltreisen von einem älteren Patienten. Später wurde er von einem Floristen adoptiert und lebte mit seiner Adoptivschwester Saki Mishima. Als Kind griff er ein, als Haruto Ichihara einen Hund provozierte; Yu lockte das Tier weg, indem er einen Stein auf sich selbst warf, wodurch beide entkommen konnten und eine dauerhafte Bindung zu Haruto entstand.

In der Highschool nutzte Yu seinen analytischen Verstand, um Basketballstrategien für den Starathleten Haruto zu entwickeln. Beide entwickelten Gefühle für die Mitschülerin Kotona Takashina, obwohl Haruto schließlich mit ihr zusammenkam. Yu verpasste manchmal Gruppenaktivitäten aufgrund von nicht barrierefreien Orten. Als Kotona in Panik anrief, fand Yu sie verfolgt vor; ein Angreifer stach sie mit einem mystischen Dolch nieder, kurz bevor Haruto eintraf. Auf der Flucht entgingen alle drei knapp einem Verkehrsunfall und wurden nach Ni no Kuni, einer parallelen Fantasiewelt, transportiert, in der Yu laufen konnte.

Yu und Haruto trafen auf Prinzessin Astrid von Evermore, die Kotona ähnelte und identische Fluchmale trug. Yu entfernte einen manifestierten Dolch aus Astrids Brust und brach damit ihren Fluch. Er erkannte, dass Kotonas Leben in ihrer ursprünglichen Welt eng mit Astrids Existenz verbunden war. Nachdem bei Kotona ein unheilbarer Gehirntumor diagnostiziert wurde, beschloss Haruto, Astrid zu töten, um Kotona zu retten. Yu lehnte dies ab und weigerte sich, Astrid zu opfern, trotz der persönlichen Konsequenzen. Nach einem weiteren Attentätervorfall in Ni no Kuni gefangen, wurde Yu gezwungen, gegen Haruto zu kämpfen, während die Schwarze Banner-Armee Evermore angriff. Ihr Duell löste die Rückkehr in ihre ursprüngliche Welt aus.

Yu erkannte, dass Sakis Leben mit der gefangenen Ritterin Bertha Roam verknüpft war. Er und Haruto retteten Saki vor dem Attentäter, der sich in ein Monster verwandelte. Zurück in Ni no Kuni entlarvten sie Kronprinz Sedulus Astrum als wahren Antagonisten; er hatte die Ereignisse manipuliert, während er sich als Minister Gnauss Wisden tarnte. In der finalen Konfrontation fing Yu Sedulus‘ tödlichen Angriff auf Astrid ab und erlitt schwere Verletzungen. Ein älterer Mann, der sich als Oliver aus einer anderen Zeitlinie entpuppte, erklärte Yu zum wahren Helden. Mit der göttlichen Avnaron und dem Schwert Mornstar ausgestattet, half Yu, Sedulus zu besiegen.

Die Auflösung zeigte, dass Yu ursprünglich aus Ni no Kuni stammte, nicht aus der Menschenwelt; seine Anwesenheit während Harutos Kindheit war ein temporärer Übergang, um Haruto vor dem Hundangriff zu retten. Nach der Schlacht entschied sich Yu, in Ni no Kuni als Prinz von Evermore zu bleiben und eine Beziehung mit Astrid einzugehen. Die Menschen in der Menschenwelt vergaßen ihn, obwohl Haruto ihre gemeinsamen Erinnerungen behielt. Yu zeigte stets strategisches Denken, Loyalität, moralische Überzeugung und Schutzinstinkte, im Gegensatz zu Harutos Impulsivität. Seine Reise verwandelte ihn von einem zurückhaltenden Schüler, der durch seine Behinderung eingeschränkt war, in einen entschlossenen Anführer, der sein wahres Erbe annahm.

Yusuke "Yu" Ninomiya