Gensei Kihara ist ein älterer Wissenschaftler der Kihara-Familie, tief verstrickt in die Schattenprojekte von Academy City. Seine treibende Obsession ist die Erreichung von SYSTEM, einem theoretischen Zustand, in dem ein Esper durch das Erreichen von Level 6 menschliche Grenzen überschreitet. Dieses einzige Ziel bestimmt seine Handlungen über mehrere Handlungsbögen hinweg.

Seine frühen Forschungen beinhalteten unethische Experimente, insbesondere die Schaffung des Ability Body Crystals. Er opferte seine Enkelin, Therestina Kihara Lifeline, als "erste Probe", indem er ihre Fähigkeiten überlastete, um essentielle Chemikalien zu extrahieren. Später nutzte er als Aufseher der Advanced Education Department Child Errors als Versuchsobjekte, trieb einige absichtlich ins Koma, um Daten zu sammeln. Er wischte Kiyama Harumis Bedenken beiseite und bezeichnete die Probanden als entbehrliche "problematische Child Errors".

Nach dem Scheitern des Level 6 Shift Projects, das auf Accelerator abzielte, verlagerte Gensei seinen Fokus auf die Ausbeutung des Misaka-Netzwerks und Misaka Mikoto. Er erkannte das Potenzial externer Werkzeuge wie des Exterior Projects – eine Einrichtung mit einem riesigen Gehirn zur Verstärkung mentaler Kräfte. Da er mit Störungen durch Kamijou Toumas Imagine Breaker rechnete, passte er seine Pläne entsprechend an.

Unfälle während der Experimente hinterließen Gensei mit einem stark cybernetischen Körper, der die meisten Gliedmaßen durch Prothesen ersetzte, was ihm ermöglichte, physische Fallen wie elektrische Verteidigungen zu umgehen. Obwohl kein Esper, erwarb er mehrere Fähigkeiten – Asport, Aero Shooter, Ice Beam und Hellsehen – indem er ein personalisiertes Level Upper-Netzwerk durch entführte Espers schuf, wobei er zugab, dass es kleiner war als Kiyama Harumis. Während des Daihasei-Festivals kaperte er Exterior, registrierte seine Gehirnwellen, um Shokuhou Misakis Mental Out-Fähigkeit zu übernehmen. Dies ermöglichte ihm, die Sicherheit des Misaka-Netzwerks zu umgehen und es mit einem Virus zu infizieren.

Sein größeres Komplott entfaltete sich während des Daihasei-Festivals. Nachdem er Kouzaku Mitori und MEMBER manipuliert hatte, um Misaka 10032 zu lokalisieren, lockte er Misaki von Exterior weg und übernahm die Kontrolle. Mit durch Exterior verstärktem Mental Out infizierte er das Misaka-Netzwerk, was globale Manifestationen schwarzen Blitzes auslöste. Dann zwang er das korrumpierte Netzwerk in Mikoto und initiierte einen erzwungenen Level 6 Shift. Mikoto erreichte eine himmlische Form mit immenser Macht, aber Gensei stellte fest, dass sie nur 2% Fortschritt erreichte, bevor Instabilität ihr Bewusstsein bedrohte. Er testete diese Macht, indem er einen Angriff auf das fensterlose Gebäude von Academy City lenkte.

Gensei verkörpert Kihara-Merkmale: analytische Gerissenheit, mangelnde Empathie und die Bereitschaft, andere für wissenschaftlichen Fortschritt zu opfern. Er weist ethische Bedenken offen zurück und erklärt, Opfer seien unvermeidlich. Seine lange Zeit in der Schattenwelt schärfte seine "Comeback Detection"-Fähigkeit, die versteckte Strategien von Gegnern durch Analyse von Manierismen und subtilen Hinweisen vorhersagt.

Nach seiner Niederlage versuchte Shokuhou Misaki, seine kognitiven Funktionen dauerhaft mit Mental Out zu stören. Um dies zu vermeiden, verwarf Gensei seine physische Form und übertrug sein Bewusstsein in Restenergie von Mikotos außer Kontrolle geratenem Zustand, wodurch er ein energiebasiertes Gedankenwesen wurde. Sein aktueller Status bleibt in den primären Medien ungeklärt.

Gensei Kihara